למרות החלטת בג"ץ לאשר את מינויו של האלוף רומן גופמן, השופטת דפנה ברק-ארז סברה בדעת מיעוט כי אין לדחות את העתירה בשלב זה, וכי יש להמשיך בבירור העובדות טרם כניסת המינוי לתוקף.
2+ברק-ארז קבעה כי הפגמים במסגרת פרשת אלמקייס שבה נטען כי גופמן הפעיל קטין והפקיר אותו בזמן אמת, אינם מאפשרים לסיים את ההליך המשפטי בשלב הנוכחי. לדבריה, מאחר שהליקויים נוגעים לתשתית העובדתית שעל בסיסה פעלה הוועדה, גם בחינה נוספת של החומר הקיים לא תוכל לרפא את הפגם.
השופטת הצביעה על שני סימני שאלה מרכזיים שלדבריה לא נבדקו עד תום. הראשון נוגע לשאלת אמירת האמת במסגרת הבירור שערך רח"ט הפעלה, אז מסר גופמן כי לא ידוע לו על קשר כלשהו של אוגדה 210 לערוצי טלגרם בכלל ולערוצו של אלמקייס בפרט. הסוגיה השנייה, שאותה כינתה "שאלת העמידה מנגד" או "שאלת ההפקרה", עוסקת בהתנהלותו של גופמן לאחר שנודע לו על מעצרו של אלמקייס.
2+ברק-ארז מתחה ביקורת על כך שהוועדה לא השלימה את עבודתה באמצעות זימון עדים נוספים שטרם הופיעו בפניה, ואף לא זימנה מחדש עדים שהיה צורך להציג בפניהם שאלות נוספות. לדבריה, אותם עדים יכלו לשפוך אור על תשובותיו של גופמן, להשלים את התמונה העובדתית ולסייע ביישוב הסתירות שעלו בין הגרסאות השונות.
עם זאת, השופטת הדגישה כי אין בחומר הקיים בסיס להטלת דופי באלוף גופמן עצמו. לצד זאת, היא ציינה כי מדובר במקרה שמחייב "התרת ספקות", הן בשם האינטרס הציבורי והן מנקודת מבטו של גופמן עצמו. לדבריה, אילו דעתה הייתה מתקבלת, היה מקום להוציא צו על-תנאי וכן צו ביניים שהיה משהה את כניסת המינוי לתוקף – עד להשלמת הליך הבדיקה.
