שופטי בג"ץ אמנם ציטטו את החוק הקובע כי לבית המשפט אין להתערב בענייני דת, אולם מהתנהלות עבר של יצחק עמית וחבורתו אפשר להניח שלא תהיה פינה אותה יותירו פנויה וללא התערבות משפטית.

הכותל, מאז שחרורו, משמש אתר תפילה המנוהל על פי הכללים המקובלים בכל העולם. האחריות על הכותל מסורה בידי הקרן למורשת הכותל, ארגון דתי שבראשו עומד רב – רב הכותל. כך היה ברור לכל מאז 1967.
הכותל, שריד בית המקדש, הוא אתר דתי המשמש מקום תפילה. מנתוני הקרן למורשת הכותל שהוצגו בבית המשפט עולה כי מספר המבקרים, כלומר המתפללים, במקום הוא עצום. מיליונים רבים מידי שנה.

לכן בפני בג"ץ לא עומדת רק סוגיית שיפוץ או ענייני תכנון ובניה של הכותל הדרומי, אותה חלקה כושלת שהוקמה בלחץ זרמים לא אורתודוכסיים שביקשו מקום "תפילה" ללא מחיצה וללא ההנהגות המקובלות לתפילה יהודית, אלא סוגיית מעמדו של הכותל במדינה.
האם מדובר אכן באתר תפילה. האם מדינת ישראל מכירה במושג הזה, ובמונחים אחרים קשורים כמו "קדושה", "אתר דתי", וכיו"ב, ככל שמדובר במקום ציבורי שאינו מבנה כמו בית כנסת, או שהיא לא רואה הפרדה בין מתחם ציבורי כזה או אחר, כיכר הבימה למשל.

זה בתמצית הדיון: האם הכותל הוא יותר בית כנסת או יותר כיכר רבין. למיליוני יהודים בישראל ובעולם, כמו גם לכל ממשלות ישראל מאז 67' ועד היום התשובה ברורה. השאלה היא זו תהיה גם הדעה של בג"ץ.
אם יכניס את עצמו בית המשפט לעניינים הדתיים הקשורים לנהלי ההתנהלות בכותל, לא רק שיהיה זה הקו האחרון, ההתערבות הבוטה והמיותרת ביותר בתולדות בית המשפט, אלא תהיה זו אפליה ברורה בין המסורת והדת היהודית לבין דתות אחרות.

בדיוק כמו עיריית תל אביב, שיצאה בזמנו נגד קיום תפילה יהודית בהפרדה במרחב הציבורי, אבל הקימה בעצמה גדר בין נשים וגברים לתפילה מוסלמית בגן צ'ארלס קלור, כך גם בג"ץ במידה שיחליט להתערב.
הרי במה שקורה ממש סמוך לשטח המריבה בכותל, מעבר לחומה העתיקה, בהר הבית, מקום המנוהל באופן מלא ומוחלט על ידי ארגון דתי מוסלמי- הווקף הירדני- בג"ץ לא מתערב ולא יתערב לעולם. לא משנה כמה עתירות יוגשו בטענה לאפליה, בהגבלת כניסת יהודים, שלא לומר תפילה המונית מאורגנת או חס וחלילה הקמת בית כנסת – בג"ץ יעמוד בפרץ ולא ייתן פגיעה במוסלמים ואמונתם. אבל בנוגע ליהודים – יש כאלה הסבורים שהכל מותר.
