מאז פרצה המלחמה, גובר הדיון בסוגיית הטיפול במחבלים על ידי צוותי רפואה ישראלים, הן בשטח – והן בבתי החולים השונים הפזורים ברחבי הארץ. מרבית בתי החולים הדגישו כי אין בכוונתם לאשפז או להעניק כל טיפול רפואי אחר למחבלים בשטחם.
בית החולים הדסה עין כרם הודיע היום (שלישי) כי מחבל שהובא לשטח בית החולים לצורך קבלת טיפול רפואי סורב כבר בקבלה – והוא נזרק מהמתחם. בהדסה האשימו את "גורמי הביטחון" שהביאו את המחבל – וניסו להכניסו לטיפול במהלך הלילה.

כזכור, ימים ספורים לאחר פרוץ המלחמה הודיע משרד הבריאות כי הטיפול במחבלים שביצעו את הטבח הרצחני נתון לאחריות צה"ל – ועל כן אלו יטופלו במתקן רפואי של הצבא. שר הבריאות משה ארבל התעקש כי המחבלים לא יקבלו בשום אופן טיפול רפואי במערכת הציבורית.
סערת הטיפול במחבלים פרצה לראשונה בעקבות תיעוד שהציג מחבל המטופל בבית חולים שיבא בתל השומר, לצד פצועים מהטבח. באתר ynet נחשף לראשונה כי סך הכל טופלו שלושה מחבלים בבתי החולים בישראל – לצד פצועים ישראלים באותן המחלקות.
