שלמה ינאי הינו אחד מחברי הוועדה לחקר אסון מירון, שמתוקף תפקידו כבר תשאל את ראש הממשלה לשעבר – בנימין נתניהו. בחודש שעבר פרסמנו כי ייתכן שלינאי קיים ניגוד עניינים שמתבטא בקשריו עם ראש הממשלה הנוכחי יאיר לפיד, ומשליך על יחסו העוין כלפי נתניהו. כתגובה לפרסום, תגובתו של ינאי הייתה: "מדובר בדברי הבל חסרי כל שחר. לינאי אין כל קשר ליש עתיד או לאנשים המוזכרים".
היום, ינאי הגיב במכתב מקיף לעו"ד אביחי בוארון מארגון "לביא" על הטענות שכוונו כלפיו, שכן זה דרש להדיח את ינאי מהוועדה בעקבות ניגודי העניינים. "אפתח בכך – הטענות במכתבך חסרות שחר. כל פעולותיי בוועדת החקירה מכוונות לבירור האמת ולגיבוש מסקנות והמלצות לממשלה, בהתאם לחוק, וכדי שאירוע טרגי בו נספו 45 נערים וגברים על לא עוול בכפם לא יארע בעתיד בישראל!", כתב ינאי.
עוד הוסיף: "מעולם לא הייתי פעיל פוליטית בשום מפלגה ואין לי כל קשר למפלגת "יש עתיד" או למפלגה אחרת". כזכור, בשנת 2012 שקל ינאי להתמודד ברשימת 'יש עתיד', כך דווח אז בחדשות 10. בשנת 2018 גם דווח כי הוא נפגש עם לפיד בבית קפה ברמת אביב. "בשנת 2012 ,כשסיימתי את תפקידי כמנכ"ל חברת טבע, פנו אלי גורמים הקשורים למפלגות שונות וביקשו לעניין אותי בהצטרפות לפוליטיקה. לכולם השבתי בשלילה", הגיב ינאי לעניין 'יש עתיד'.
"בשנת 2018 התלוויתי לחבר קונגרס לשעבר לפגישה שלו עם חבר הכנסת דאז יאיר לפיד. לא היה לי כל עניין אישי בנושא הפגישה ונכחתי בה כמלווה בלבד" הוסיף והסתייג מהטענה לפגישה אישית עם לפיד.
עלו טענות נוספות כי בינואר 2017 חתם ינאי על עצומת תמיכה ברמטכ"ל בזמנו, רא"ל גדי אייזנקוט, על רקע פרשת אלאור אזריה. העצומה פורסמה מטעם ארגון 'מפקדים למען ביטחון ישראל' ומבקרת במרומז את נתניהו, ונפתחת במילים: "נוכח גל ההסתה ושתיקת הדרג המדיני".
מהאלוף (מיל') שלמה ינאי נמסר: "האלוף במיל' ינאי אינו פעיל פוליטית ומעולם לא היה, גם לא בארגון "מפקדים למען בטחון ישראל". מעבר לזאת, העובדות המובאות במענה שנמסר לפניית ארגון "לביא" מדברות בעד עצמן. כל ניסיון לייחס לאלוף במיל' ינאי מניעים זרים ולהטיל דופי בעבודתו במסגרת ועדת החקירה הממלכתית, למעלה משנה לאחר הקמתה ואחרי ששמעה 145 עדים, הוא ניסיון נואל ומשולל כל יסוד".
