יום כיפור בנתב"ג הוא יום רגוע, אך עדיין ישנה עבודה. ישנן שעות שצריך לקחת בחשבון שעות כי מדובר ב פעילות שונות מהרגיל. הפעילות התעופתית בנתב"ג, ברמון ובחיפה תופסק בהדרגה בערב החג, וגם מעברי הגבול היבשתיים ייסגרו בשעות שונות. החזרה לפעילות תחל במוצאי יום כיפור, אך לא בכל המקומות באותה שעה.
בנתב"ג, הפעילות תיפסק היום (ראשון) בטרמינל 1 תצא הטיסה האחרונה בשעה 13:00, והנחיתה האחרונה בטיסת פנים תתבצע בשעה 13:10. בטרמינל 3, המשמש לטיסות הבינלאומיות, ההמראה והנחיתה הבינלאומיות האחרונות מתוכננות לשעה 13:55, ולאחר מכן תופסק הפעילות בנמל לקראת יום הכיפורים.
גם במוצאי יום כיפור החזרה לפעילות בנתב"ג תהיה הדרגתית. בטרמינל 3 הנחיתה הבינלאומית הראשונה מתוכננת ליום שני, 21 בספטמבר, בשעה 22:30, וההמראה הבינלאומית הראשונה צפויה בשעה 23:30. טרמינל 1 יחזור לפעילות בינלאומית ופנים-ארצית רק ביום שלישי, 22 בספטמבר, בשעה 02:00.
גם בנמל התעופה רמון באילת הפעילות תופסק בערב החג. הנחיתה האחרונה מתוכננת ביום ראשון, 20 בספטמבר, בשעה 11:30, ולאחר מכן לא תתקיים פעילות תעופתית בנמל. הטיסות יחודשו רק ביום שלישי, 22 בספטמבר, בשעה 06:00 בבוקר, כך שנוסעים המתכננים טיסה מרמון או אליו יצטרכו לקחת זאת בחשבון.
בנמל התעופה בחיפה הפעילות תסתיים ביום ראשון בשעה 14:00, עם הנחיתה האחרונה. גם כאן לא מדובר בהשבתה של כמה שעות בלבד, והפעילות התעופתית תחודש רק ביום שלישי, 22 בספטמבר, בשעה 06:00 בבוקר. המשמעות היא שמי שמתכנן להגיע או לצאת מחיפה בטיסה בתקופה הזו יצטרך לבדוק מראש את מועד הטיסה ואת שעת הפעילות בפועל.
גם מעברי הגבול היבשתיים יפעלו במתכונת מיוחדת במהלך יום כיפור. מעבר אלנבי ייסגר ביום ראשון, 20 בספטמבר, בשעה 11:00, ויחזור לשעות הפעילות הרגילות רק ביום שלישי, 22 בספטמבר. מעבר רבין ייסגר באותו יום בשעה 12:00 וגם הוא יחזור לפעילות רגילה ביום שלישי.
במעבר בגין, המחבר בין אילת לסיני, הפעילות תיפסק ביום ראשון בשעה 13:00. בשונה ממעברי הגבול האחרים, המעבר צפוי להיפתח כבר במוצאי יום כיפור, מחר (שני), בשעה 22:00. מי שמתכנן כניסה או יציאה דרך המעבר בערב החג או במוצאי החג צריך להביא בחשבון את שעות הפעילות המיוחדות.
גם מעבר נהר הירדן ייסגר ביום ראשון בשעה 12:00, כאשר קבלת הנוסע האחרון תתאפשר עד השעה 10:30. המעבר יחזור לשעות הפעילות הרגילות ביום שלישי, 22 בספטמבר. ברשות שדות התעופה ממליצים לנוסעים לבדוק מראש את זמני הפעילות ואת פרטי הטיסה או המעבר שלהם, במיוחד משום שהחזרה לפעילות אינה מתבצעת באותה שעה בכל המתקנים.
