נוסעים ישראלים המגיעים למדינות האיחוד האירופי נתקלים באתגר תפעולי חדש: מערכת ה-Entry Exit System, שנועדה לרשום את נתוניהם הביומטריים של כל אזרח שאינו תושב האיחוד, גורמת לעיכובים נרחבים בנמלי תעופה מרכזיים, כאשר רשויות האיחוד טוענות כי השיבושים מוגבלים, אולם מנהלי נמלי תעופה וחברות תעופה מתריעים על קשיים טכניים ועל פגיעה ממשית בחוויית הנוסע.

המערכת החדשה מחייבת נוסעים שאינם אזרחי האיחוד האירופי לרשום טביעות אצבע ותמונת פנים בעת הכניסה לאזור שנגן, הכולל 29 מדינות. המידע מאומת שוב בעת היציאה. בנמלי תעופה כמו רומא ופרו, נוסעים מדווחים על המתנה של שעות בביקורת הדרכונים, מה שמוביל במקרים מסוימים אף להחמצת טיסות המשך.
איבן באסאטו, בכיר בנמל התעופה פיומיצ'ינו שברומא, ציין כי למרות השקעה של מיליוני אירו במכונות בידוק עצמאיות ("קיוסקים"), התהליך נותר מסורבל. לדבריו, זמן הבידוק הממוצע לאזרחים שאינם אירופאים זינק משבע דקות ל-20 דקות: "אנחנו צריכים לתקן דחוף היבטים מסוימים במערכת".

מפקד ביקורת הגבולות בנמל התעופה פארו שבפורטוגל, פדרו אוליביירה, הודה אף הוא כי המערכת סובלת מבאגים טכניים, וציין כי "לעיתים מה שהיה תור של עשר דקות… לוקח מעל שלושים דקות". חברת ריינאייר אף הגדירה את השקת המערכת כ"כישלון" והמליצה לנוסעים להקדים משמעותית את הגעתם לנמל התעופה.
מערכת ה-EES, שנכנסה לשלבי הפעלה הדרגתיים מאז אוקטובר 2025, נועדה להדק את הפיקוח על הכניסה והיציאה מאזור שנגן. עם זאת, היישום שלה נתקל בקשיים טכנולוגיים וארגוניים. המשמעות עבור המטייל הישראלי ברורה: הביורוקרטיה בנמלי התעופה באירופה הפכה למורכבת יותר.

תלות גוברת במערכות מחשוב מרכזיות של האיחוד גורמת לכך שתקלה בנקודה אחת עלולה להשבית את זרימת הנוסעים בנמלים רבים במקביל. בשלב זה, למרות לחצים מצד גורמים בענף התעופה להשהות את הפעילות בתקופות עמוסות, הנציבות האירופית ממשיכה לקדם את הטמעת המערכת, תוך הבטחה להמשך תמיכה במדינות החברות. לישראלים הטסים לאירופה מומלץ להיערך להמתנה ארוכה יותר ולעקוב אחר עדכוני חברות התעופה טרם היציאה לנתב"ג.
