כיממה לאחר מינויו של האלוף רומן גופמן לראש המוסד, אורי אלמקייס, שפעל תחתיו בעבר ונעצר ונחקר, עתר לבג"ץ יחד עם התנועה לטוהר המידות נגד המינוי. בעתירתו ביקש, "בכל לשון של בקשה", לכנס דיון דחוף שבו יוכל להציג את עמדתו.

לטענתו של אלמקייס, כך לפי העתירה, מדובר ב"פגיעה חמורה באמון הציבור במוסד". כמו כן פירט את פרשת הפעלתו כנימוק המרכזי לעתירה, שלפיה, ככל הנראה, הופעל על ידי גופמן בהיותו קטין ונדרש לבצע פעולות מול גורמי טרור, ואף נעצר ונחקר תוך שימוש בעינויים.
עוד הדגיש אלמקייס בעתירה כי החלטת המינוי של גופמן התקבלה ברוב של שלושה שופטים, בעוד שנשיא בית המשפט העליון התנגד לה. העותרים מבקשים כעת לעכב את כניסתו של גופמן לתפקיד עד לכינוס דיון חירום שיכריע בנושא.

כאמור, לשכת ראש הממשלה הודיעה כי הוועדה המייעצת למינויים בכירים אישרה ברוב קולות את מינויו של האלוף רומן גופמן לתפקיד ראש המוסד הבא. עם קבלת האישור, חתם ראש הממשלה בנימין נתניהו על כתב המינוי הרשמי.
במרכז דיוני הוועדה עמדה "פרשת אלמקייס", ורוב חברי הוועדה השתכנעו כי פעולותיו של האלוף היו תקינות וכי לא הוכח קשר פסול בין גופמן לבין הפעילות המדוברת. קביעה זו הסירה את המכשול המרכזי שעמד בפני המינוי ואפשרה לוועדה להעניק את הכשר המוסרי והערכי הנדרש לתפקיד הרגיש.

הרמטכ"ל זמיר אמר לחברי הוועדה: "אילולא היה גופמן ממונה לראשות המוסד, היה ראוי ונכון לקדמו במטה הכללי – ואולי אף לרמטכ"לות".
בוועדה עלו גם טענות נוספות בדבר זיקה פוליטית לראש הממשלה וחשדות למעורבות בהדלפת מסמכים סודיים לתקשורת הזרה. הוועדה דחתה טענות אלו פה אחד, וקבעה כי עבודתו של גופמן כמזכיר צבאי היא מקצועית וממלכתית במהותה. כמו כן, לא נמצאו ראיות הקושרות אותו להדלפות או להתקשרויות עסקיות לא תקינות במסגרת הסיוע ההומניטרי לעזה, ובכך נוקה שמו מכל רבב בהקשרים אלו.

גופמן, המכהן כיום כמזכיר הצבאי לראש הממשלה, צפוי להיכנס לתפקידו ביוני הקרוב לתקופת כהונה של חמש שנים, עם אפשרות להארכה נוספת. זאת בהתאם להחלטות הממשלה המסדירות את כהונת ראשי ארגוני הביטחון, כאשר לראש הממשלה שמורה הסמכות להאריך או לקצר את התקופה.
עד אז, ימשיך גופמן בתפקידו הנוכחי לצד ראש הממשלה, תוך שהוא מתחיל בתהליך חפיפה מסודר לקראת כניסתו לנעליו של ראש המוסד המכהן, דוד ברנע.
