לאחר הודעת ועדת גרוניס על אישור המינוי, הרמטכ"ל, רב-אלוף אייל זמיר, שוחח אמש (בין חמישי) עם דוד זיני, ובירך אותו לרגל אישורו לתפקיד ראש השב"כ, והבהיר כי הוא בטוח שזיני יביא את "יכולותיו האישיות, מנהיגותו והניסיון שצבר" כמפקד קרבי בצה"ל גם לארגון.
בנוסף, ציין הרמטכ"ל כי שיתוף הפעולה בין הארגונים הוא קריטי לבטחון המדינה וכי צה"ל, והוא באופן אישי, יעמדו מאחוריו ככל שידרש על מנת שיצליח בתפקידו. זיני הודה לרמטכ"ל על כל השנים המשותפות בהן שירת תחת פיקודו ועל הדרך בה הוא מפקד על צה"ל.
לאחר ההודעה של ראש הממשלה על החלטתו למנות את זיני במאי האחרון, בעודו בשירות צבאי פעיל בדרגת אלוף, היחסים בינו לבין הרמטכ"ל נעשו מתוחים: לאחר שהשניים "סיכמו" על פרישתו של זיני, הוציא הרמטכ"ל אזהרה חריגה: "אני מבהיר כי כל שיח של משרתי צה"ל עם דרג מדיני מחייב באישור רמטכ"ל", אמר.
