משרד מבקר המדינה הגיב הערב (רביעי) להתקפה מצד לשכת ראש הממשלה ודחה את הביקורת שהוטחה על הדו"ח שפורסם. בתגובה רשמית, הבהיר המבקר כי הדו"ח מתמקד בפערים ובכשלים בניהול האזרחי של המלחמה, וקרא לראש הממשלה לפעול לתיקונם במקום לתקוף את המבקר.
"הדוח שפורסם היום מתמקד בניהול הממשלתי של התחום האזרחי במהלך מלחמת חרבות ברזל", נמסר בהודעת המבקר. "תוצאות הפערים והכשלים בדוח זה באו לידי ביטוי באיכות המענה שסיפקה הממשלה לתושבי ישראל בשורה ארוכה של תחומים. על ראש הממשלה לפעול לתיקון הליקויים שפורטו בדוח".

במשרד המבקר הוסיפו כי הם מצויים בעיצומם של תהליכי ביקורת רבים הנוגעים לטיפול הממשלתי בתחומים אזרחיים נוספים, וכן בביקורות על "ליבת הכשל שקדם לטבח 7.10". עוד הובהר כי כל הדוחות יתפרסמו לציבור עם השלמתם.

הביקורת החריפה של מבקר המדינה: "מאות אלפים שילמו את המחיר"
"מבקר המדינה וצוותי הביקורת ימשיכו במילוי תפקידם הציבורי חרף ההתקפה מצד ראש הממשלה, יו"ר האופוזיציה וגורמים מבוקרים אחרים בעת האחרונה. ביקורת על פעולתם של כלל הדרגים – המדיני, הצבאי והאזרחי, תימשך כפי שהודיע המבקר מהרגע הראשון", נמסר ממשרד מבקר המדינה.
כזכור, מוקדם יותר הערב, משרד ראש הממשלה דחה על הסף את דו"ח מבקר המדינה וציין כי רואה בו "מסמך בלתי רלוונטי". בתגובה רשמית שפורסמה, נטען כי בעוד ממשלת ישראל משיגה "הישגים היסטוריים חסרי תקדים ששינו את פני המזרח התיכון", הדו"ח עוסק ב"הערות שוליים חסרות חשיבות אמיתית".

על פי התגובה, הדו"ח מתעלם לחלוטין מהעובדה שב-7 באוקטובר 2023 נכפתה על ישראל מלחמה בשבע חזיתות, שהיא "מלחמה קיומית בהיקף שלא ידעה המדינה בכל שנותיה" ונפתחה ללא התראה מוקדמת. במשרד ראש הממשלה טוענים כי הדו"ח אינו מבוסס על נתונים מלאים ומעודכנים, ולכן אינו משקף את "העשייה האדירה של ממשלת ישראל לאורך המלחמה".
