הדיון הסוער בשתי העתירות העוסקות במינוי ראש השב"כ בבג"ץ הסתיים (שלישי). במהלך הדיון, פנו באי כוחם של כל המשיבים, ביניהם – עורכי הדין המיצגים את הממשלה, הפרקליטות והעותרים השונים, אל שלושת השופטים בהרכב, ושטחו את טיעוניהם.
שלושת השופטים: יצחק עמית, אלכס שטיין, וגילה כנפי-שטיינץ בחרו להיות מעורבים באופן ניכר, והקשו לאורך כל הדיון על עורכי הדין ודבריהם. בעוד שהשופט עמית בחר לעיתים קרובות להתבטא בנוגע לניגוד העניינים של ראש הממשלה והקשר שלו למינוי ראש השב"כ, השופטים האחרים בהרכב בחרו להקשות באופנים אחרים.

לאחר 3 הפסקות: הדיון חודש ללא קהל, הורים שכולים הוצאו בכוח
כך למשל, השופט עמית מתייחס לחקירה של פרשת קטאר והקשר שלה למינוי ראש השב"כ, ואומר: "אנחנו מדברים על חקירה רגישה שנוגעת למקורבים ולקודש הקודשים של לשכת רה"מ. יש טענה שהלוואי ותתבדה של חדירה של גורם אחר, ולא משנה אם זאת שוויץ או קטאר".
"ועכשיו אומר ראש הממשלה בקולו זה מסע ציד אחריי, פוליטי, אני יכול לצטט. זה עליי, זה אני. אם זה לא ניגוד עניינים אני לא יודע מה זה ניגוד עניינים", המשיך עמית, "ראש הממשלה קשר את עצמו, כשהוא אומר זה מסע ציד ולא ייצא מזה כלום – הוא אומר לחוקרים מה צריכה להיות התוצאה, שלא יהיה כלום. וזה בעייתי. זאת סיטואציה בעייתית שמנסים לנטרל אותה".

אולם, בניגוד לעמדתו של השופט עמית, עמדתם של השופטים שטיין וכנפי-שטייניץ הייתה שונה במקצת. כך למשל, בעת שנציגת הפרקליטות, עו"ד נטע אורן, שטחה את טיעוניה, פנה אליה השופט שטיין: "יש לי קושי שלי עם העמדה שלכם, משום שאני קורא את החוק, שהוא ברור. יש הלכה פסוקה שאומרת שבמצב הזה אין מנוס. אדם בניגוד אינטרסים יפעיל את הסמכות שלו". באמירות אלו, מקשה שטיין על עמדת הפרקליטות והיועמ"שית בנושא.
השופטת כנפי-שטייניץ, אף הוסיפה על דבריו של שטיין והעצימה אותם, כשפנתה גם היא אל אורן: "יש כאן דיון ממושך בשאלת ניגוד העניינים לאורך כל חוות הדעת של היועצת המשפטית לממשלה. אנחנו עוסקים בחוק שלפיו המחוקק מצא את ראש הממשלה כאדם המתאים למנות את ראש השב"כ", אמרה שטייניץ, "לכל השיקולים אין שום ביטוי בחוות הדעת של היועמ"שית"

הדיון בין עו"ד נטע אורן, סגנית מנהל מחלקת הבג"צים, לבין השופטים המשיך כשהיא טוענת: "ראש הממשלה הביא אותנו למצב קשה. זיהום ההליך ע"י ראש הממשלה שמצוי בניגוד עניינים. לא יכולנו לבחור בחלופה טובה יותר".
השופט עמית: "זה ניגוד עניינים לא ארוך שנים, ניגוד עניינים ממוקד, לא רחב מדי, בנושא ספציפי". לאחר אמירותיו של עמית, השופטת כנפי שטייניץ הגיבה: "אבל אתם מבקשים פסילה מוחלטת. זה מינוי ל-5 שנים. הנחיית היועמ"שית קובעת כך רק בניגוד עניינים מתמיד ובתחום נרחב ומרכזי".

לאחר מכן, פרץ ויכוח דרמטי בבית המשפט העליון בין כנפי שטייניץ ושטיין לבין עמית. השופט אלכס שטיין טען: "ראש הממשלה יכול לחלוק על היועמ"שית ולחשוב שהחוק מדבר בצורה פשוטה על כך שהוא ממנה את ראש השב״כ", לזה הגיב השופט עמית: "אני חולק, היועמ"שית היא הפרשנית של החוק"
שטיין לא נשאר חייב ואמר: "יש בחוק משקל סגולי שצריך למינוי שזה רה״מ ויש פסק דין של הנשיא ברק שאפשר לאפשר מינוי במצב של ניגוד אינטרסים ולמזער את הנזק", אך עמית המשיך: "זו דוקטרינה במקרים חיוניים ונאמר שצריך להיזהר להרחיב אותה". השופט שטיין חתם את דבריו ואמר: "כנראה בית המשפט חלוק על מה זה מקרים חיוניים".
