לאחר שנחקר באזהרה, ניצב יהודה בן-עטר יועמד לדין משמעתי בגין יחסי מרות עקיפים, זאת מכיוון שלא נמצאה תשתית ראייתית מספקת, כך לפי הודעת המחלקה לחקירות שוטרים לפני זמן קצר (שני).
בתום חקירה מקיפה שניהל צוות חשיפה במחלקה לחקירות שוטרים בעניינו של ניצב יהודה בן-עטר, ובתום בחינת כלל הראיות על ידי פרקליטות מח"ש, הוחלט להמליץ בפני מחלקת המשמעת במשטרת ישראל להעמידו לדין משמעתי.
ממצאי החקירה העלו כי לפני מספר שנים, בעת שכיהן בדרגת תת-ניצב, ביקש הקצין מפקודה שלו לבצע עבורו עבודות אקדמיות, שאינן קשורות לעבודה המשטרתית, שאותן הוא נדרש להגיש במסגרת קורס שבו השתתף, ואשר היוו תנאי לקבלת ההסמכה הסופית. עם זאת, לא נמצאה תשתית ראייתית מספקת לכך שהעבודות שהוגשו על ידי הקצין היו אלה שכתבה הפקודה, כלשונן, ללא שינוי, תוספת או עריכה מצדו.
יחד עם זאת נמצא כי בין השניים התקיימו יחסי מרות עקיפים, וכי ביצוע העבודות נעשה לבקשתו של הקצין, בין היתר, במהלך שעות העבודה. התנהלות זו אינה תואמת את הסטנדרטים האתיים והמקצועיים שמצופים משוטרים בכלל ומקציני משטרה בכירים בפרט. על כן, הוחלט לסגור את התיק במישור הפלילי ולהמליץ על העמדתו הקצין לדין משמעתי.
ממשטרת ישראל נמסר:
"לאחר שנקבל את חומרי החקירה נבחן את עניינו של הקצין, שמצוי מזה מספר חודשים בחופשת פרישה".
