צה"ל חושף הערב (שלישי) כי ששת החטופים נרצחו ביום חמישי על ידי לפחות שני מחבלים. ביום שישי הכוחות הגיעו לפיר המנהרה בה הוחזקו, ובשבת נמצאו הגופות. היה חשש שישנם חטופים במרחב של רפיח ובאזור של פרחאן אך לא היה מידע על הימצאותם של ששת החטופים.
לפחות שני מחבלים ביצעו את הרצח, נערכת בדיקה על מספר מחבלים שחוסלו באזור בהיתקלויות שונות כדי לסגור מעגל מי היו הרוצחים. פרחאן חולץ מהמנהרה ביום שלישי, והכוחות המשיכו לפעול בשטח, כאשר בלילה בין שלישי לרביעי הכוחות הותקלו בזירה. שלושה מחבלים חוסלו וחייל אחד מחטיבת הנח"ל נהרג.

במהלך סריקות ביום שישי התגלה פיר חסום בחדר ילדים שהוביל למנהרה בעומק 20 מטר. במקביל, הכוחות חיסלו שני מחבלים שככל הנראה יצאו ממתחם המנהור באזור אחר, ייתכן שהם הרוצחים.
המנהרה בה נמצאו החטופים היא מנהרת מעבר באורך כ-120 מטר, שחסומה בדלת הדף מברזל, ממנה המחבלים יצאו ונעלו אותה אחרי הרצח. הדלת הייתה נעולה כאשר הכוחות הגיעו לשם. המרחק בינה לבין המיקום בו נמצא פרחאן הוא כ-700 מטרים, כאשר במערכת התת קרקע היו חסימות ממולכדות של חמאס.

במתחם התת קרקעי נמצא ציוד שמעיד שהם שהו שם מספר רב של ימים, לא ידוע כמות זמן מדוייקת. לפי כמויות המים, האוכל, בקבוקי שתן שנמצא ובנוסף שירותים מאולתרים שמצאנו כמו בור ספיגה.
