במשך למעלה מעשור ניהל המוסד הישראלי, בעיקר בראשות יוסי כהן, מסע חשאי שכלל הפעלת לחצים על התובעת בהאג, פאטו בנסודה, שערכה חקירות נגד ישראל. בין השאר כך לפי התחקיר בגרדיאן, בכירים בבית הדין קיבלו "רמזים מאיימים", ונאספו הקלטות "לא נעימות" נגד בעלה של התובעת.
יוסי כהן ניהל מאמצים אישיים כדי לשכנע את התובעת "לשתף פעולה" עם ישראל, בתחילה הוא ניסה לעשות זאת "באופן חברי", ומי שלא השתכנעה, כהן, ראש המוסד החל להסלים את פעולותיו: "את צריכה לעזור לנו ולתת לנו לטפל בך. את לא רוצה להיכנס לדברים שעלולים לסכן את הביטחון שלך או את המשפחה שלך", איים כהן.

באחת הפעמים כהן ביקש מנשיא קונגו לשעבר, ג'וזף קבילה, להיפגש עם התובעת, ופתאום באמצע הפגישה בסוויטה בית המלון, נכנס למקום ראש המוסד. לאחר הפגישה המפתיעה בניו יורק, כהן התקשר שוב ושוב לתובעת הראשית וביקש פגישות איתה. בשלב מסוים שאלה בנסודה את כהן כיצד השיג את מספר הטלפון שלה, והוא השיב: "שכחת מה אני עושה למחייתי?"
באחת ההזדמנויות, כך נטען, כהן הראה לבנסודה עותקים של תמונות שלה עם בעלה שצולמו בחשאי כשהזוג ביקר בלונדון, ובפעם אחרת רמז כהן כי החלטה לפתוח בחקירה תפגע בקריירה שלה. באותו זמן החל להיות מופץ מידע אנונימי נגד בעלה.

ללחצים נגד התובעת בנסודה היה שותף גם הממשל האמריקאי שזעם על כך שבנסודה החליטה לפתוח בחקירה נגד ארצות הברית בטענה שביצעה פשעי מלחמה באפגניסטן. בין השאר הוטלו עליה סנקציות אישיות ונמנעה כניסתה לארצות הברית. לבסוף בשנת 2021, הודיעה בנסודה על החלטה לפתוח בחקירה נגד ישראל. גם התובע הנוכחי כרים חאן טוען כי "מופעלים עליו לחצים ואיומים".
