פרקליטות המדינה הגישה הבוקר (ראשון) לבית משפט השלום בתל אביב כתב אישום נגד יהונתן פולק, בגין עבירות של הסתה לאלימות בדברים שפרסם בטור באתר עיתון "הארץ" ובנאום שנשא בפני קהל בת"א. כתב האישום הוגש לאחר שאושר על ידי היועצת המשפטית לממשלה ופרקליט המדינה.
לפי כתב האישום, שהוגש ביוני 2020, כאשר עבד כמעצב בעיתון "הארץ", פרסם פולק טור במהדורה הדיגיטלית של העיתון תחת הכותרת "שוב אני הולך לכלא". בטור זה נכתבו דברים המעודדים אלימות, כולל קריאה להצטרף לילדים המשליכים אבנים ובקבוקי תבערה. עורכי האתר הסירו חלק מהדברים לאחר מספר שעות, אך זאת לא בידיעתו של פולק.

"כדי לתרום לשינוי, על יהודים לוותר מרצון על השאיפה להנהיג את המאבק ולהובילו, ותחת זאת לתמוך במאבקם של הפלשתינים, לא בלב אלא בפועל", כתב פולק בטור ב"הארץ". "כן, עלינו לחצות את הקווים ולהפר את החוק. למרות המחיר, עלינו להצטרף אל ילדי האבנים ובקבוקי התבערה. עלינו לצעוד בעקבותיהם", כתב בטור.
באישום השני נאמר כי ביוני 2021 נאם פולק במועדון "צוותא" בתל אביב בכנס של תנועת "יש גבול", שם זכה בפרס. בנאום זה, שהועלה ליוטיוב, קרא פולק למאבק פעיל ואלים נגד ה'אפרטהייד הישראלי' והביע תמיכה בהצטרפות למאבק הפלשתיני.
