אחרי שלוש שנים סוערות עזב היום (שני) יהודה פוקס את תפקידו כמפקד פיקוד מרכז ופרש מצה"ל. הוא ייזכר כמי שניווט במורכבות בין ביקורת קשה בהתיישבות על פינויים רבים וצווי מעצר מנהליים, לבין המלחמה שלו בהתעצמות הטרור בצפון השומרון, והמאמץ למנוע התפוצצות ואינתיפאדה שלישית.
בטקס הפרישה שלו קרא פוקס לחיזוק הרשות הפלשתינית בתואנה שמדובר באינטרס ביטחוני של ישראל, ותקף בחריפות את הפשיעה הלאומנית ואת הרבנים שלא מגנים אותה: "לדאבוני, ההנהגה לא מוצאת את הכוחות לצאת בגלוי, זו איננה יהדות בעיני".
האלוף פוקס יוצא נגד "פשיעה לאומנית" וקורא לחזק את הרש"פ
לאורך תקופת כהונתו ספג פוקס ביקורת קשה בהתיישבות בטענה שאינו פועל מספיק נגד הטרור, ושהוא מאפשר לארגוני החמאס והג'יהאד האסלאמי להתעצם בצפון השומרון. גם כשיצא למבצעים, הם טענו שזה "מעט מדי ומאוחר מדי", בו בזמן שלדבריהם הוא הוציא מספר שיא של צווי מעצר נגדם.
בעברו שימש האלוף כמפקד בה"ד 1, כמפקד חטיבת הנח"ל וכמפקד אוגדת עזה, ונספח צה"ל בארצות הברית, ויש לו עשרות שנים של שירות בצבא. הוא ספג ביקורות קשות על כך שבתפקידו באוגדת עזה הוא נמנע מלירות על פלשתינים שהתקרבו לגדר. אביו הוא הרב דוד פוקס ממקימי ישיבת נתיב מאיר.
