ראש הממשלה בנימין נתניהו הגיב היום (שני) למכתב האזהרה שיצא הבוקר כנגדו: "הצוללות הן יסוד מרכזי בביטחון הלאומי של ישראל ובהבטחת קיומה נגד איראן שמנסה להשמידנו. רכש הצוללות וכלי השייט לא רק שלא פגע בביטחון המדינה – הוא מבטיח את קיומה".
ועדת החקירה הממלכתית לפרשת הצוללות הוציאה חמש הודעות אזהרה לגורמים שעלולים להיפגע. בין הגורמים שהוזהרו נמצאים שר הביטחון לשעבר משה בוגי יעלון וראש המוסד יוסי כהן.

בנוסף, הוזהרו גם האלוף במיל' רם רוטברג, שהיה מפקד חיל הים בין 2016-2011 ואבנר שמחוני, שעבד במל"ל בין השנים 2016-2010. השר לשעבר יעלון, תפקד בתקופה הרלוונטית גם בתור שר הביטחון וגם בתור השר לנושאים אסטרטגיים. ראש המוסד כהן מוזהר בשל תפקידו כראש המל"ל בשנים הרלוונטיות.
בעניין ראש הממשלה נכתב בהודעה: "התנהלותו בנושאים הנחקרים על ידי הוועדה הובילה לשיבוש עמוק ושיטתי בתהליכי עבודה ובניין הכוח ולפגיעה במנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. בכך סיכן את ביטחון המדינה ופגע ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל".
