ועדת החקירה הממלכתית לפרשת הצוללות הוציאה הבוקר (שני) חמש הודעות אזהרה לגורמים שעלולים להיפגע. בין הגורמים שהוזהרו נמצאים ראש הממשלה בנימין נתניהו, שר הביטחון לשעבר משה בוגי יעלון וראש המוסד יוסי כהן.
בנוסף, הוזהרו גם האלוף במיל' רם רוטברג, שהיה מפקד חיל הים בין 2016-2011 ואבנר שמחוני, שעבד במל"ל בין השנים 2016-2010. השר לשעבר יעלון, תפקד בתקופה הרלוונטית גם בתור שר הביטחון וגם בתור השר לנושאים אסטרטגיים. ראש המוסד כהן מוזהר בשל תפקידו כראש המל"ל בשנים הרלוונטיות.

בשלב זה מייחסת הוועדה לנתניהו פגיעה בביטחון המדינה, שיבוש עמוק ושיטתי בתהליכי עבודה, פגיעה ביחסי החוץ ובאינטרסים הכלכליים של ישראל.
בעניין ראש הממשלה נתניהו נכתב בהודעה: "התנהלותו בנושאים הנחקרים על ידי הוועדה הובילה לשיבוש עמוק ושיטתי בתהליכי עבודה ובניין הכוח ולפגיעה במנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. בכך סיכן את ביטחון המדינה ופגע ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל".

בהודעת הוועדה צויין כי "מר משה יעלון עלול להיפגע אם הוועדה תניע לכלל מסקנה כי בתפקידיו כשר לנושאים אסטרטגיים בשנים 2013-2009 וכשר הביטחון בשנים 2016-2013, בנושאים הנחקרים על ידי הוועדה".
ביחס ליוסי כהן נכתב בהודעת הוועדה: "התנהלותו של מר כהן בנושאים הנחקרים על ידי הוועדה הובילה לשיבוש עמוק בתהליכי עבודה ובניין הכוח ולפגיעה במנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. בכך סיכן את ביטחון המדינה ופגע ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל".
