פרופ' מנואל טרכטנברג, מי שכיהן עד לאחרונה כמנהל המכון למחקרי בטחון לאומי, אמר: "המכון כשל. מחדל כזה הוא כמעט אף פעם לא תולדה של כשל נקודתי, אלא של מחלה ממארת שפשטה בגוף כולו". כתבנו ישי פרידמן מסר היום כי מתכתובת שהגיע לידי ערוץ 14 טרכטנברג העביר ביקורת על המכון שכשל בהערכותיו, אך הוסיף: "אני מאמין שלא רק שנצא מזה, אלא שיהיה פיקחון, ונצא לדרך חדשה".
טרכטנברג שכיהן כראש המכון בשלוש השנים האחרונות התייחס להערכות ולתפיסה המחקרית של המכון היוקרתי בעניינו של ארגון הטרור חמאס ואמר כי המכון כשל. מדובר בהתכתבות של טרכטנברג עם גורם שהיה משתתף רבות בהרצאות המכון ועסק בעבר בענייני בטחון, מחקר וכלכלה.
2+אחרי ה-7 באוקטובר נשמעו ביקורות רבות כלפי המכון בעקבות התבטאויות של העומדים בראשו שלכאורה הפגינו ביטחון מופרז ביכולות המודיעיניות והביטחוניות של ישראל להתמודד עם איומים ביטחוניים כדוגמת חמאס.
אותו גורם ביקר באותה התכתבות שנמשכת מאז שנת 2021 את מכון INSS בעיקר על חוסר התעסקותו, לפי דעתו, באיום החמאסי מרצועת עזה. אחרי ה-7 באוקטובר, שלח אותו גורם שוב מכתב לפרופ' טרכטנברג ובו טען שוב כי המכון היה חלק מאותו כישלון ומאותה קונספציה ששיתקה את מערכות הבטחון במדינת ישראל.
2+פרופ' טרכטנברג השיב לו בחזרה והצדיק את הביקורת. לדבריו מכון INSS כשל והיה חלק מ"מחלה ממארת שפשטה בגוף כולו". טרכטנברג: "אני אומר זאת פנימית, בהזדמנות (לא רחוקה) אגיד זאת בפה מלא גם בחוץ", אמר והוסיף: "מחדל כזה הוא כמעט אף פעם לא תולדה של כשל נקודתי. אנחנו חלק מזה ללא ספק. אני מאמין שלא רק שנצא מזה, אלא שיהיה פיקחון, ונצא לדרך חדשה".
כתב ערוץ 14 ביקש את תגובתו של הפרופסור לדברים, ואלו דבריו: "אף אחד במדינת ישראל כולה לא העלה על דעתו תרחיש כמו מה שקרה בפועל ב-7/10, ועל כן כל מי שעסק בביטחון לאומי חייב לבדוק את עצמו, ובכלל זה המכון למחקרי ביטחון לאומי".
2+הוא הסביר כי לטענתו יש רמות שונות של אחריות ומעל כולן רובצת הקונצפציה של הדרג המדיני אשר דגלה בבידול בין עזה וחמאס מחד, לבין יהודה ושומרון והרשות הפלשתינית מאידך. הוא טען כי: "בדיעבד המכון היה צריך לצאת כנגד הגישה הזאת, אבל יש לציין שאז היו צובעים את המכון בצבעים פוליטיים עזים, שכן זה היה כרוך בלצאת כנגד גישתו המפורשת של ראש הממשלה נתניהו".
