במהלך ישיבת הממשלה לאישור העסקה עם חמאס התפתחו מספר עימותים בין חברי הממשלה. העימותים הם בין חברי מפלגות עוצמה יהודית הציונות הדתית שהמתנגדים לעסקה, לבין השרים האחרים התומכים בעסקה.
העימות הראון ביון השר סמוטריץ' לשר בני גנץ. סמוטריץ' שאל במהלך הישיבה: "איך אנחנו יכולים לדעת שההפוגה המדוברת לא תימשך מעבר למה שהוסכם? פתאום חמאס יודיע שמצא עוד חטופים ואז הימים יימשכו עוד ועוד". גנץ השיב לו בכעס: "איזו מן שאלה זאת?! אנחנו אומרים לך שזאת העסקה. אתה סומך על סינוואר יותר מאשר עלינו?".

עימות נוסף היה בין השר איתמר בן גביר לשר הליכוד. במהלך הישיבה עקץ השר מיקי זוהר את בן גביר: "למה עשיתם דיון 'מעמיק' בסיעה לפני ששמעתם את כל הפרטים?". בן גביר השיב: "כי כל מה ששמענו כאן עכשיו, ראינו קודם בתקשורת. אז טוב מאוד שעשינו את הישיבה".

השרה גילה גמליאל פנתה לשר בן גביר, ואמרה: "צריך שנהיה מאוחדים בהחלטה!". השר לביטחון לאומי השיב לה: "אבל אנחנו לא מאוחדים. זו החלטה עם נזק לדורות שעוד תפגע בנו קשות".

כמו כן רה"מ בנימין נתניהו הזכיר את החטופים הישראלים מלפני המלחמה הנוכחית. החטופים הם הדר גולדין ואורן שאול הי"ד שנפלו ונחטפו במבצע 'צוק איתן', וכן אברה מנגיסטו, הלוקה בנפשו, שחצה את הגדר לשטח הרצועה ומוחזק חי בשבי חמאס. נתניהו אמר בישיבת הממשלה: "אנחנו זוכרים כל העת גם מהחטופים והנעדרים שלנו מסבבים קודמים. דרשנו חד משמעית מידע על גורלם, ומעבר – בכל עסקה עתידית שנעשה".
