הסכסוך התעורר לאחר מותו של סולטן זנזיבר, חאליד בן ברגוש. בן דודו של חאליד, חאלד בן ח'ליפה, הכריז על עצמו כסולטן החדש, אך ממשלת בריטניה, לה היו אינטרסים כלכליים ופוליטיים משמעותיים באזור, הכירה באחיו של בן ברגוש, חאלד בן ח'אליד, כשליט הלגיטימי.
כדי לעמוד על סמכותה, שלחה ממשלת בריטניה משט ספינות, שבראשו עמד סר הנרי המילטון ג'ונסטון, מושל מזרח אפריקה הבריטית, לנמל זנזיבר ודרשה מבן ח'ליפה להתפטר. משסירב, פתחו הבריטים בהפצצה ימית על הארמון ומבני מפתח אחרים. המתקפה הסתיימה תוך פחות משעה, וחאלד בן ח'ליפה נאלץ לברוח מהארמון ולהימלט מהאי.

המלחמה הביאה למותם של כ-500 בני אדם, ופצועים רבים – רובם אזרחים. המלחמה הסתיימה כאמור תוך פחות משעה, ואם נרצה לדייק נאמר כי הצדדים חלמו זה בזה במשך 38 דקות בלבד, מה שהפך אותה למלחמה הקצרה ביותר בהיסטוריה המתועדת. כמו כן, למלחמה הייתה השפעה משמעותית על האזור, שכן היא חיזקה את השליטה הבריטית בזנזיבר וסימנה את קץ שלטונו העצמאי של הסולטן הטורקי המקומי.
עוד נציין כי האי המזרח אפריקאי הפך בסופו של דבר למדינת חסות בריטית ונשאר כך עד שנות ה-60. למרות קוצרה, למלחמה הייתה השפעה משמעותית על תושבי זנזיבר והאזור, ומורשתה מורגשת עד היום.
