בתחקיר שחושף "הפורום לישראל ירוקה" עולה כי המנהל האזרחי מתעלם מזה שנים ממחצבות פיראטיות הפועלות ללא היתרים וללא תב"ע. יתרה מכך, לאחרונה פתח המנהל ביוזמה תקדימית הנקראת "תמ"א 52/1" אשר מטרתה להכשיר בדיעבד מחצבות ענק בלתי חוקיות אלו תוך ויתור בלתי מוסבר לבעלי המחצבות על דרישות בסיסית כמו אישור תב"ע למחצבה תסקיר ארכיאולוגי ועוד.
כיום, ביהודה ושומרון פועלות 7 מחצבות חוקיות בעלות כלל מערך ההיתרים ותב"ע בתוקף בעוד שבאותו זמן פועלות ביו"ש 72 מחצבות פיראטיות (23 מתוכם בשטחי c) אשר מעבירות אבן וחצץ למפעלי בטון בלתי חוקיים ברחבי ישראל ולמדינות ערב השכנות, דרך מעבר אלנבי תחת הכותרת "אבנים מארץ הקודש" וללקוחות נוספים.

בזמן בו מגמת החציבה הפיראטית באיו"ש הולכת ומתגברת ומנגד, עד שנת 2025 יסגרו 12 מחצבות חצץ חוקיות בתוך ישראל (מתוך 22), הפורום צופים כי עיקר ההיצע עומד להגיע מהמחצבות הפיראטיות באיו"ש. בתחקיר הפורום לישראל ירוקה נחשפת מציאות עגומה ולפיה מדינת ישראל בוחרת להפקיר את שוק החציבה ביהודה ושומרון.
גורמי האכיפה במנהל האזרחי האמונים לאכוף על הנעשה בשטח, כלל לא פועלים בנושא ומחצבים בשווי מיליארדי שקלים ניתנים לטייקונים פלסטינים ללא פיקוח וללא גביית תמלוגים השייכים לציבור ואמורים להיכנס לקופת המדינה לצורך שיקום המחצבות וצימצום הנזק הנגרם מהם, ובפועל נשארים בכיסי העבריינים הסביבתיים.
הדיון בוועדת חו"ב – נעצר אישור תמ"א 52 מחוסר תשובות ראויות
לפני חצי שנה, ביוזמת מועצת יש"ע, הפורום לישראל ירוקה, המועצות האזוריות ביהודה ושומרון וגורמים נוספים, התקיים דיון חירום בוועדת חוץ ובטחון של הכנסת בראשות ח"כ רם בן ברק. במהלך הדיון, בעקבות חוסר מתן תשובות מספקות מצד ראשי המנהל האזרחי, עצרה הוועדה את אישור תכנית תמ"א 52 שביקשה לדלג על שלב תכנוני קריטי מבלי לתת תשובות ראויות.
באותה הוועדה אמר ראש המנהל האזרחי תת אלוף פארס עטילה כי תכנית תמ"א 52 הוצגה במתכונתה הנוכחית בגלל "סיבות איו"שיות מיוחדות". מנגד, ועדת החוץ והבטחון של הכנסת יחד עם עשרות חברי כנסת דחתה את הטענות הללו וחייבו את המנהל האזרחי וראשיו להציג תמ"א ראויה הכוללת מערך אישורים בסיסי כפי שמתחייב במחצבות במדינת ישראל (תמ"א 14) ובמחצבות של יהודים ביו"ש.

גלעד אך, יו"ר הפורום לישראל ירוקה מסר כי: "מזה שנים שהרי יהודה ושומרון ההסטוריים נהרסים והופכים לבורות ענק מכוערים באמצעות עשרות מחצבות פיראטיות ומזהמות אשר כל תכליתם להכניס מילארדי שקלים לכיסם של עבריניים ממכירת המחצבים. המצב בו המנהל האזרחי אשר אמון על שמירת השטח מעלים עין ומונע פיקוח ואכיפה על מחצבות הענק ואף מנסה להכשיר את השרץ באמצעות הקומבינה שנקראת תמ"א 52/1 מעלה תהיות בקשר למטרותיו האמיתיות של המנהל. האם אזרחי ישראל יזכו לראות גורם אמיץ בתוך משרד הביטחון שיעצור את ההשתוללות של המנהל האזרחי והעבריינים הסבביתיים על חשבון האוכלסייה ודורות העתיד או שעתיד האזור יישאר מופקר בידי פקידים חסרי אחריות?".
תגובת היחידה לתיאום פעולות הממשלה בשטחים:
בשטחי C באזור יהודה ושומרון פועלות מספר מחצבות ומגרסות מאושרות בהתאם להוראות הדין, אשר גם מעבירות חומרי חציבה לישראל בהתאם לנוהל ביטחוני המפוקח ומיושם על ידי גורמי פיקוד המרכז והמנהל האזרחי.
במסגרת בחינת קידום תמ"א 52 עבור כריה וחציבה, נערך תהליך מקצועי על ידי המנהל האזרחי, תוך קבלת חוות דעת כלל הגורמים המקצועיים הרלוונטיים לאזור.

באשר לפעילות הקרן לשיקום מחצבות ביהודה ושומרון נציין שזו הוקמה בשלהי שנת 2019 והחלה לפעול במהלך שנת 2020. הקרן צופה כי גובה התמלוגים הנגבים על ידה יגיע לסך של 20 מיליון שקלים עד לשנת 2024. כיום ארבע מחצבות נמצאות בהליכי תכנון לקראת שיקום.
יחידת הפיקוח של המנהל האזרחי מבצעת פעילויות אכיפה ביחס למחצבות הפועלות שלא כדין בשטחי C, בהתאם לסדרי עדיפויות מקצועיים.
באשר לטענה שלפיה פורשים של מערכת הביטחון זוכים ליחס שונה ממשרתי המנהל האזרחי, הרי שמדובר בטענה שאינה נכונה. המנהל האזרחי פועל באופן זהה למול יזמים שונים המקדמים פרויקטים בתחום המחצבות.
