בשעות האחרונות שוב מדווח על קטטה המונית בישיבת פוניבז' בין תלמידי הישיבה, כאשר בקטטה נוטלים חלק תלמידים משני הפלגים היריבים בישיבה, המכונים בעגה הישיבתית "שונאים" ו"מחבלים".
הקטטות ההמוניות בישיבת פוניבז' הפכו לדבר שבשגרה, כאשר מדי תקופה המתיחות בין הצדדים, הלומדים יחד בישיבה, מגיעה לשיא – וגורמת לאלימות קשה בין הצדדים ולמחזות שאינם שגרתיים בהיכלי הישיבות.
עיקרו של הסכסוך נובע ממחלוקת שליטה בישיבה, שפרצה עוד בסוף שנות ה-90 בין מי שמכהן כיום כנשיא הישיבה מטעם פלג "השונאים", הרב אליעזר כהנמן, לבין גיסו – ראש הישיבה מטעם הפלג השני, פלג "המחבלים", הרב שמואל מרקוביץ.
בראשות הישיבה מטעם הפלג המכונה בעגה המקומית "השונאים", – ומזוהה פוליטית עם תנועת דגל התורה, מוביל ראש הישיבה ומי שהפך לא מזמן למנהיג הציבור הליטאי – הרב גרשון אדלשטיין, ולא הרב אליעזר כהנמן הנושא, כאמור, בתפקיד נשיא הישיבה.
הפלג בישיבה המכונה פלג "המחבלים", מזוהה פוליטית דווקא עם הפלג הירושלמי המפורסם בזכות ההפגנות אותן נוהגים חברי הפלג לקיים מדי פעם והתנגדותם העזה לגיוס לצה"ל, המתבטא בהחרמת לשכות הגיוס גם לשם קבלת מעמד בן ישיבה, שאינו כרוך בגיוס לצבא.
הסכסוך, שנובע כאמור ממחלוקות נדל"ן ובעלות על מבני הישיבה, הביא לעובדה ששני ישיבות מתנהלות, למעשה, באותו המבנה, כאשר כל צד מחזיק בעמותה משלו אותה הוא מתפעל ואליה הוא מתרים כספים.
אך בעוד העמותות מפוצלות, דווקא לב ליבה של הישיבה, בית המדרש המרכזי, אינו מפוצל באופן ברור ושני הצדדים לומדים בו ביחד, כאשר מדי פעם ויכוחים על מקומות וסדרי הישיבה בהיכל מתלקחים והופכים לקטטה המונית המנקזת אליה את צדדי הסכסוך.
