ארגון ההסתדרות הוא הארגון הגדול ביותר במדינה, אולי גם הוותיק ביותר מבין כלל ארגוני העובדים למיניהם.הסתדרות העובדים הכללית החדשה בעצם היא גלגולה הנוכחי, בשם ובסגנון, של ההסתדרות הכללית של העובדים בישראל שהיוותה את הגוף המארגן המרכזי בתנועת העבודה הישראלית מ-1920 ועד 1994.
מדי חמש שנים נערכות בחירות כלליות למוסדות ההסתדרות (על בסיס סיעות) וליו"ר הארגון. המוסד העליון של ההסתדרות החדשה הוא ועידת ההסתדרות והוא ממנה את חברי "בינ"ה" – בית נבחרי ההסתדרות – מוסד דמוי פרלמנט בן 171 חברים המוסמך להתוות ולאשר את מדיניות ההסתדרות, וכן לשנות את חוקת ההסתדרות מכוחה פועל הארגון.
יו"ר הארגון הנבחר בבחירות ישירות, מוסמך למנות את חברי הנהגת ההסתדרות – הגוף העליון המנהל את פעולתה וענייניה השוטפים המונה 15–35 חברים. הבחירות הנוכחיות יכריעו בין שני המועדים לתפקיד היו"ר: ארנון בר דוד (היו"ר המכהן) ועופר עיני.
2+במרץ 2019, בעקבות הצטרפותו של אבי ניסנקורן לרשימת "כחול לבן" ופרישתו מתפקיד יו"ר ההסתדרות, בחרו חברי בית נבחרי ההסתדרות בארנון בר-דוד לתפקיד יו"ר ההסתדרות. אולם בחירותו לא הייתה שקטה אז ובאו בעקבותיה ביקורות רבות.
בתקופת משבר הקורונה, חתם בר-דוד על שני הסכמים קיבוציים אשר הסדירו את יציאתם של עובדי המגזר הציבורי לחופשה, שרובה על חשבון ימי החופשה הצבורים שלהם ומיעוטה על חשבון המעסיקים. ב-1 במאי 2020 חתם על הסכם נוסף אשר הסדיר את חזרתם של כלל עובדי המגזר הציבורי לעבודה, והסדיר תשלום שכר חלקי לעובדים שתפקידם לא נדרש באופן זמני.
עופר עיני כיהן כיושב ראש הסתדרות העובדים הכללית החדשה מינואר 2006 ועד מאי 2014, ואחר כך כיושב ראש ההתאחדות לכדורגל בישראל בשנים 2014–2018.
2+בשנת 1999 נתנה על ידי יו"ר ההסתדרות עמיר פרץ ליושב ראש הסתדרות עובדי המדינה. בסוף 2004 מונה ליושב ראש האגף לאיגוד מקצועי בהסתדרות. במסגרת תפקיד זה ניהל עיני משא ומתן עבור עובדי ארגונים שונים, בהם עובדי הנמלים, מע"צ וחברות נוספות.
עם בחירתו של עמיר פרץ לראשות מפלגת העבודה והתפטרותו מתפקידו כיו"ר ההסתדרות, מונה עיני להיות ממלא מקומו. לאחר מכן התמודד בבחירות תחת הסיסמה "הסתדרות בלי פוליטיקה", ונבחר.
כיו"ר הסתדרות, עיני הגדיל את מספר העובדים המאוגדים בהסתדרות. ב-2009 הקים את האגף להתאגדות עובדים המלווה התאגדויות חדשות משלב ההתארגנות הראשונית ועד לחתימת ההסכם הקיבוצי. עיני אף קידם חקיקה המגינה ומסייעת לעובדים בשלבי ההתארגנות הראשונים.
בנובמבר 2013 הודיע עיני שהוא פורש מתפקידו כיו"ר ההסתדרות בפברואר 2014, אך המשיך לכהן בתפקיד זה לאחר שהוגשה עתירה לבג"ץ נגד תהליך מינוי מחליפו. עיני פרש מתפקידו במאי 2014.
