לאחר מאמצים משטרתיים וחשש מאסון, מיטתו של הרב קניבסקי הגיעה אל בית העלמין שם ייטמן הרב בסמוך לאישתו. המשטרה הכריזה כי בית העלמין ייסגר לכניסת אנשים ואשר על כן, ההמון החל לחזור על עקבותיו אל האוטובוסים הממתינים בכביש 4, בצומת קוקה קולה. בבית העלמין נמצאים הרב דוד לאו, הרב הראשי לישראל, ורבה הראשי של ירושלים, הרב שלמה עמאר.
עם זאת, לצרות מחסומי המשטרה ברחבי בית העלמין בזכרון מאיר, רבים קפצו מעליהם והצליחו להגיע אל מתחם הקבר בו נטמן הרב זצ"ל. המשטרה ללא הצליחה לעצור את האנשים ולמנוע מהם להגיע אל הקבר. עם זאת, עקב התפזרות האנשים הרבים אל האוטובוסים, מדובר בכמות מועטה לעומת שהייתה.
אחרי יותר מ-12 שעות: נפתחו כלל הכבישים שנחסמו על ידי המשטרה בשל לוויית הרב קניבסקי זצ"ל.
לווייתו של מרן 'שר התורה', הרב חיים קניבסקי זצ"ל, יצאה לכיוון בית העלמין זכרון מאיר. המכונית בה הרב הובל הרב פילסה דרכה דרך המוני ישראל ברחוב רשב"ם אשר באו ללוות את הרב הגדול בדרכו האחרונה. הכרוז קרא בזעקות: "סכנת נפשות של ממש! אנא כל מי שנמצא, לפנות את רחוב רשב"ם וללכת לכיוון רחוב חפץ חיים. כבוד התורה!".



מסע הלוויה החל באמירת פרקי תהילים ע"י מקורבו הגאון רבי משה סמוטני, ואמירת סליחות על ידי הגאון רבי משה בויאר שליט"א יחד עם כלל הקהל העומד בכל הרחובות הסובבים את בית הרב. לאחר מכן ספדו לרב: גיסו, חבר מועצת גדולי התורה הרב יצחק זילברשטיין שליט"א, ראש ישיבת פונוביז' הרב גרשון אדלשטיין, ובנו, הרב שלמה קנייבסקי שליט"א, ראש ישיבת קרית מלך. הקדיש נאמר על ידי בנו, רבי אברהם ישעיהו קנייבסקי שליט"א. רבי משה סמוטני שליט"א הכתיר את בנו של הרב זצ"ל, הרב יצחק שאול קנייבסקי שליט"א, למלא את מקומו כמרא דאתרא של בית המדרש 'לדרמן'.
את הלוויה פקדו רבבות אנשים בצפיפות רבה אשר הובילה לפציעתם של עשרות אנשים ואף לקריסת מספר מרפסות. לא היו נפגעים בנפש באירועים השונים וממד"א נמסר כי 64 נוכחים בלוויה טופלו על ידי צוותי מד"א, 5 מהם פונו לקבלת טיפול רפואי בבית החולים.
מיטת הרב מורדת אל מכונית הקבורה:


מכונית הקבורה שעברה

המונים בדרכם ללוויה: (צילום: נתיבי ישראל)


צילום: לפי נוסח 27 א' בחוק זכויות יוצרים.
במקביל לקיום ההלוויה לצד ביתו של מרן 'שר התורה' הרב חיים קניבסקי, ההכנות לקבירתו נסתיימו גם כן. קברו נחפר בסמוך לקבר אישתו. הרבנית בת שבע קניבסקי. לתוך קברו של הרב הושמו פתקים רבים בתקווה שהתפילות הכתובות בהם יעלו יחד עמו ויענו ע"י זכויותיו של הרב.



השר לביטחון הפנים, עמר בר-לב, מסר בתום הערכת מצב בחמ״ל משטרת ישראל ללוויית הרב קנייבסקי בהשתתפות המפכ״ל, רב-ניצב קובי שבתאי, ומפקד מחוז תל אביב, ניצב עמיחי אשד: ״ההתארגנות שהובילו המפכ״ל שבתאי ומפקד המחוז והאירוע אשד מרשימה. כמו גם שיתוף הפעולה הבין-משרדי הנרחב בהובלת מנכ״ל המשרד לבט״פ, תומר לוטן. נראה כי ההכנה המוקדמת של הציבור נותנת את אותותיה ונכון לעכשיו אזרחי ישראל משתפים פעולה וזה חשוב״.
השר הוסיף, ״הלוויה של רב כל כך משמעותי בלאומיות הישראלית צריכה להיות מכובדת. ההתכוננות, המחשבה על התרחישים השונים שעלולים להתפתח, משנה הזהירות שננקט והמשמעת הציבורית המופגנת הן כולן מפתח לכך שהאירוע יסתיים בשלום״.
