אחרי שמבצע חיסוני הילדים בבתי הספר הסתיים עם 56 אלף תלמידים מחוסנים בלבד, שרת החינוך מאשימה את משרד הבריאות. "הביאו 50 ניידות בלבד ל-5,000 בתי ספר", אמרה בריאיון לאולפן ynet. במשרד הבריאות אמרו בתגובה: "מדהים לשמוע ששרת החינוך מסירה אחריות. החיסונים התעכבו במשך שבועות בגלל התנגדותה".
השרת אמרה כי משרד הבריאות אחראי על ביטול מבצע חיסוני הקורונה. "קיבלנו מכתב מד"ר שרון אלרעי פרייס שמבקש מכל האחיות שנתנו עד עכשיו את חיסוני הקורונה לחזור ולחסן חיסוני שגרה ולהפסיק את חיסוני הקורונה בתוך בתי הספר". היא אמרה כי מספר המתחסנים הנמוך נובע ממשאבים מועטים שהוקדשו למבצע – וגם מהסתייגות של הורים. "מי שמחסן זה משרד הבריאות. ככל שהביאו יותר משאבים אפשר היה לחסן יותר ילדים. וזה תלוי גם בנתון נוסף – בהסכמת ההורים", הסבירה.

בכירים במשרד הבריאות אמרו בתגובה על דבריה של שרת החינוך בעניין חיסוני הילדים: "מדהים כל פעם מחדש לשמוע כיצד שרת החינוך מחפשת לתקוף ולהסיר מעצמה אחריות במקום לעבוד יחד, בשיתוף פעולה. מבצע החיסונים בבתי הספר התעכב במשך שבועות לאור התנגדותה של השרה שאשא ביטון. לאחר שהחלה לשתף פעולה, נשלחו כל ניידות משרד הבריאות לחסן את התלמידים. הפסקת מבצע חיסוני הקורונה בבתי הספר נעשה לטובת חזרה לחיסוני השגרה – ובראשם חיסון השפעת, לנוכח העונה בה אנו מצויים והחובה להבטיח את בריאותם. כל ילד שהוריו יזמינו תור לחיסון בקופת החולים – יחוסן עוד באותו השבוע".

שאשא ביטון לא הסתפקה בכך והאשימה את משרד הבריאות גם באי-יישום מתווה הכיתה הירוקה. "נלחמתי על מתווה הכיתה הירוקה עוד לפני תחילת שנת הלימודים, ומשרד הבריאות כל הזמן ניסה לטרפד את זה. המשרד התנגד ואמר שלדעתו הכיתה הירוקה מובילה להתפרצויות נוספות… ואני אמרתי – בואו נשנה את המתווה, שכל מי שנבדק ושלילי יוכל ללמוד. אי אפשר לומר משהו על האנטיגנים בבתי הספר כשבחוץ בקהילה מאפשרים את האנטיגן".
