הרב שמואל אליהו מפרסם תפילה מיוחדת לאנשים שלא יוכלו לקיים את מצוות הסוכה בחג מכיוון שהם צריכים לשהות בבידוד. בתפילה שחיבר הרב אליהו נמנות מספר מצוות אותן מקיים מי ששוהה בבידוד.
לשם יחוד ליושבים בבידוד ולא בסוכה
לְשֵׁם יִחוּד קוּדְשָׁא בְּרִיךְ הוּא וּשְׁכִינְתֵּיהּ, בִּדְחִילוּ וּרְחִימוּ, וּרְחִימוּ וּדְחִילוּ, לְיַחֲדָא שֵׁם יוד ה' בְּוָא"ו ה' בְּיִחוּדָא שְׁלִים (יהוה) בְּשֵׁם כָּל יִשְׂרָאֵל. הריני בא לקיים מצוות עשה של "ונשמרתם מאוד לנפשותיכם". ומצוות "ואהבת לרעך כמוך". ומצוות "לא תעמוד על דם רעך". והריני יושב וישן בבית ולא בסוכה. ומאוד משתוקק אני לאכול ולישון בסוכה אך איני יכול מחמת הבידוד.
על כן מפיל אני תפילתי לפניך ה' אלוהי ואלוהי אבותי שתזכה את כל אחינו בית ישראל בבריאות איתנה ויקיימו את המצווה הזו בשם כל ישראל , ותזכה אותי לקיים מצווה זו בשנים הבאות עלינו לטובה, ונשב עם כל ישראל אחינו בסוכת רחמים וחיים ושלום שעליה נאמר כי ה' פורס על חומותיה של ירושלים את עורו של הלוייתן וזיוו מבהיק מסוף העולם ועד סופו, שנאמר "וְהָלְכ֥וּ גוֹיִ֖ם לְאוֹרֵ֑ךְ וּמְלָכִ֖ים לְנֹ֥גַהּ זַרְחֵֽךְ". אמן ואמן.
וִיהִי נעַם אֲדנָי אֱלהֵינוּ עָלֵינוּ. וּמַעֲשֵׂה יָדֵינוּ כּונְנָה עָלֵינוּ. וּמַעֲשֵׂה יָדֵינוּ כּונְנֵהוּ:
