בית המשפט העליון דחה היום (ה') שלוש עתירות בהן התבקש להורות על הקמת ועדת חקירה ממלכתית או ועדת בדיקה ממשלתית ב"פרשת כלי השיט" ולהורות ליועץ המשפטי לממשלה לפתוח בחקירה פלילית כנגד ראש הממשלה דאז בנימין נתניהו ב"פרשת המניות". בפרשת כלי השיט, בית המשפט עמד על שורה של תמיהות שלא ניתנה להן תשובה, וציין כי התמונה הלכאורית הנוגעת לתהליכי קבלת ההחלטות בקרב הרשויות הרלוונטיות היא מדאיגה – ולספקות אלה ראוי כי יינתן מענה ציבורי.
העתירות הבחינו בין שלוש פרשות: תיק 3000 במסגרתו כבר הוגש כתב אישום, פרשת המניות בה נחשד נתניהו כי רכש ומכר מבן דודו, נתן מיליקובסקי ופרשת כלי השיט הכוללת את רכש הצוללות.
בפרשת הצוללות בית המשפט קבע כי מבחינה משפטית ההחלטה על הקמת ועדת חקירה מסורה לממשלה, והתערבותו של בית המשפט בהחלטה זו היא חריגה ונדירה. למעשה, כך צוין, אין תקדים למקרה שבו בית המשפט הורה לממשלה להקים ועדת חקירה – לא בנושאי מלחמה וביטחון; לא בנושאי מינהל תקין וחשד לשחיתות ציבורית; לא בנושאים כלכליים; ולא בנושאים פוליטיים.
עם זאת, בית המשפט הצביע על כך שהמשטרה והיועץ המשפטי הביעו דעתם כי נחשפה התנהלות בלתי תקינה ומדאיגה "שאינה עומדת בסטנדרטים ראויים של רשות ציבורית" וכי נחשפו ליקויים המחייבים הפקת תובנות ולקחים בנוגע להליכי הרכש הביטחוני במדינה.
היועץ המשפטי קבע בהחלטתו כי "שאלות כבדות משקל שעולות מהעדויות והתצהירים, ואשר נותרו לעת הזו ללא מענה, אינן מצויות לפתחה של מערכת אכיפת החוק, העוסקת אך בבירור חשדות המצויים בשדה הפלילי".

עוד צויין כי מהחומר שהוצג עולה תמונה לכאורה של התנהלות בלתי תקינה ומדאיגה שאינה עומדת בסטנדרטים ראויים של מנהל תקין, וכי נחשפו ליקויים המחייבים הפקת תובנות ולקחים בנוגע להליכי הרכש הביטחוני במדינה. על פי זאת מצטיירת תמונה לפיה צה"ל ומשרד הביטחון נדחקו הצידה, ואת מקומם תפס המל"ל; שלא נערכה עבודת מטה מסודרת; ושהתקבלו החלטות שמנוגדות לעמדתם של צה"ל ומשרד הביטחון, אשר התנגדו לרכישת צוללות נוספות.
בית המשפט הדגיש כי אף שוועדת חקירה יכולה להתאים לבירור ולבחינה של הדברים ולטיהור הספקות, וכי במישור הציבורי בחינת תהליכי קבלת ההחלטות במקרה דנן היא צעד המתיישב עם ביטחון המדינה – בית המשפט אינו יכול לספק פתרון לכל מכאוב ולכל קושיה והדברים ראויים לליבון במישור הציבורי. נושא הקמת ועדת החקירה הממלכתית, כך נקבע – עניין הוא לממשלה לענות בו; לא לבית המשפט.
פרשת המניות
גם בפרשת המניות קבע בית המשפט כי לא מדובר באחד מאותם מקרים חריגים ונדירים המצדיקים להתערב בהחלטת היועץ המשפטי לממשלה שלא לפתוח בחקירה פלילית.
בית המשפט עמד על כך שעסקת מכירת המניות דוּוחה על ידי ראש הממשלה בזמן אמת למשרד מבקר המדינה ולוועדת ההיתרים. עוד ציין בית המשפט שמקובלים עליו נימוקי היועץ המשפטי לממשלה אשר התבססו על ההנחה שנתניהו אכן קיבל טובת הנאה משמעותיות ממיליקובסקי, ואולם לא נמצאה כל אינדיקציה לכך שנתניהו קיבל טובת הנאה בעד פעולה הקשורה בתפקידו, שהיא יסוד נדרש לצורך ביסוס עבירת השוחד, וכן לנוכח הקשיים הראייתיים והפרוצדורליים בניהול חקירה פלילית בעת הזו.

בית המשפט הוסיף ודחה את טענת העותרים לפיה בחינת פרשת המניות על רקע פרשת כלי השיט מבססת את העבירות הפליליות המיוחסות לחבר הכנסת נתניהו. בית המשפט קבע כי בראי ההלכה המושרשת באשר להיקף ההתערבות המצומצם של בית משפט זה בנוגע להחלטות הנוגעות לחקירה – הפער בין התזה וההשערות של העותרים לגבי הקשר בין שתי הפרשות לבין התשתית הראייתית שנאספה בפועל, שומט את הקרקע תחת טענתם כי קמה עילה להתערב בהחלטת היועץ המשפטי לממשלה.
