ממסקנות דו"ח ביניים מספר שתיים עולה כי בשלב זה ניתן לקבוע כי התאונה נגרמה בשל חוסר שליטה בטיסה שהתפתח במהלך התרגול. צוות התחקיר אינו יכול להצביע בשלב זה מה גרם למטוס להיכנס לתמרון לא נשלט.

צוות התחקיר ממשיך לבדוק שני כיוונים עיקריים:
1. תפעול הטסתי שהוציא את המטוס מחוץ למעטפת הטיסה.
2. תקלה טכנית במנוע או בהגאים במהלך תפעול הטסתי, שתרמה ליציאת המטוס ממעטפת הטיסה.

צוות המומחים בראשות אלוף-משנה א׳ ממשיך לחקור את נסיבות התאונה, והמליץ למפקד חיל האוויר על החזרת סד"כ מטוסי ה"סנונית" לטיסות, לאחר בדיקות טכניות מקיפות ומיוחדות שיבוצעו לכלל הרכיבים שלא ניתן לשלול האם תרמו לתאונה.
מפקד חיל האוויר, אלוף עמיקם נורקין, קיבל את ממצאי דו"ח הביניים השני ואישר את כיווני החקירה להמשך. בנוסף, החליט מפקד חיל האוויר, בהמשך למסקנות דוח הביניים ולהמלצת הצוות, להחזיר את מערך מטוסי ה״סנונית״ לטיסות אימונים ומיון באופן הדרגתי, ולאחר כלל הבדיקות והפעולות שנקבעו. זאת בשל ממצאי דו"ח הביניים השני של התחקיר, אשר סיפקו מידע על הגורמים האפשריים לקרות התאונה, ובשל הצגת הפעולות שנדרש לבצע עבור הגורמים שלא ניתן לשלול באופן חד משמעי את תרומתם לתאונה.
מפקד חיל האוויר ציין את המקצועיות והחשיבות של צוות התחקיר בחקירה מורכבת זו, הדגיש כי מדובר בממצאי ביניים בלבד והנחה להשלים ולמצות את התחקיר במלואו.

"על אף מורכבות והקושי הרב בחקירה בעקבות מחיית המטוס אנחנו נמשיך לחקור במקצועיות ונהפוך כל אבן על מנת שנדע להגיד מה קרה ואיך קרה", אמר מפקד חיל האוויר.
המשפחות השכולות עודכנו בממצאי דו"ח הביניים השני. חיל האוויר ימשיך ללוות את המשפחות ויעדכן אותן בהמשך התפתחות החקירה.
כזכור מתוך ממצאי דו"ח הביניים הראשון עלה כי צוות המטוס כלל את מדריך הטיסה, רב-סרן (מיל׳) איתי זיידן ז״ל, וחניך בטייסת המיון בבית הספר לטיסה, רב-טוראי ליהוא בן-בסה ז"ל. מדריך הטיסה, היה טייס קרב מבצעי במילואים בטייסת 201 וצבר למעלה מ-3,000 שעות טיסה על מטוסי קרב. בעבר פיקד על טייסת מיון, בתקופה זו ביצע כ-470 שעות טיסה על מטוס ה"סנונית". לאחר פרישתו משירות קבע, שירת כמדריך טיסה בטייסת מיון ומונה לפקד עליה כממלא מקום מפקד הטייסת. החניך היה בשלב "המכין" בקורס הטיס, כארבעה חודשים מתחילתו, בשלב הטיסות הממיינות, וזו הייתה טיסתו התשיעית (צ'ק 9) על מטוס ה"סנונית".
