לפני שבועות אחדים עצרו כוחות הביטחון של סודאן את בכיר החמא"ס ואיש מחלקת המודיעין ב"מנהלת הבנייה", אהאב מחמד רמדאן עבד אל רפור. נודע, כי חמא"ס פעלה בשנתיים האחרונות להקמת רשתות טרור ביבשת אפריקה ופעילותה נחשפה עם מעצרו של עבד אל רפור.
פעיל החמא"ס הופעל ע"י בכירי הארגון מתורכיה ומביירות במסווה של פעילות למען סטודנטים, אותם הפעיל, על פי המקורות, לאיתור יעדים ישראליים באפריקה. בעבר פעל עבור "אל קאעידה".
סודאן עצרה באחרונה גם איש דת, מטיף עזתי המתגורר שם כשנתיים, משום שהביע תמיכה בחזרת שלטון האחים המוסלמים בראשות הגנרל עומר בשיר.
באחרונה פורסם, כי ממשלת המעבר של סודאן שוקלת לסגור את משרדי חמא"ס וחזבאללה בשטחה, כדי לצאת מרשימת המדינות תומכות הטרור של ארה"ב. כך דווחו כלי תקשורת שונים, בהסתמך על מקור סודאני וציינו כי חמא"ס וחזבאללה החזיקו מספר משרדים "מדיניים" בסודאן.
ממשלת המעבר הסודאנית ומפלגת החופש והשינוי, שהדיחו את עומר אל באשיר, פועלות כעת לתקן את יחסיהם עם ארה"ב, לאחר שסודאן צורפה לרשימה השחורה של המדינות תומכות הטרור, משום שאירחה את אוסאמה בן לאדן. ארה"ב מציבה בפני הסודאנים דרישות נוספות בטרם תסיר אותם מהרשימה, אולם מקורות בארה"ב דיווח כבר לפני שנתיים, כי סודאן חדלה לסייע כלכלית לחמא"ס. ממשלת סודאן פועלת כעת גם כדי לאתר את הכספים והנכסים "האבודים" של באשיר, שמוערכים ב 64 מיליארד דולר.
