לאחר הפרסום בערוץ 20, כי בתכני הלימוד של ילדי ישראל נמצאים חומרי מיסיון ונצרות, וכן ישנם סרטונים מתוך התכנית 'היהודים באים' כחלק מלימודי תנ"ך, שר החינוך גלנט אמר כי יבחן את הנושא. למרות הודעת השר, לימודי תנ"ך המבוססים על הברית החדשה ורעיונות נוצריים עדיין קיימים באתר משרד החינוך.
מוקדם יותר הבוקר, פורסם מכתב של מירי שליסל, יו"ר המזכירות הפדגוגית של משרד החינוך, בו היא מביעה את עמדתה בנושא ואמרה כי עמדתה הוצגה בפני שר החינוך והמנכ"ל "והתקבלה על ידיהם". שליסל כתבה כי "הסרטונים שמופיעים באתר, נבחרו בקפידה, ונועדו להעלות דיונים חשובים בכיתה – כגון הדיון על ההוגנות של האל במעשיו ביחס לאיוב – דיון שעולה הן מתוך מערכון של 'היהודים באים' והן מתוך פרשנים מסורתיים שונים".
עוד אמרה שליסל כי "הנושאים הללו הם לגיטימיים וחיוניים בהוראת התנ"ך בחינוך הממלכתי. סרטונים נוספים מן הסדרה המופיעים באתר עוסקים באליהו, ביונה ובדוד וגולית והם בעינינו ראויים ומתאימים". "לפיכך" אמרה שליסל, "אין בכוונתנו להסיר את הסרטונים מן האתר". שליסל הבהירה כי "עמדה זו הוצגה בפני שר החינוך ומנכ"ל המשרד והתקבלה על ידיהם".
בתוך כך, בניגוד מוחלט לדבריה של שליסל שאמרה כי הביעה את דעתה בפני השר, ודעתה התקבלה, במשרד החינוך מכחישים ומבהירים כי "המכתב מטעמה של יו"ר המזכירות הפדגוגית מירי שליסל, והתוכן שבו, מייצגים את עמדתה בלבד ולא הובאו בפני השר והמנכ"ל, ולפיכך לא קיבלו את אישורם".
כעת, למרות ההכחשה, בדיקה קטנה מגלה, כי למרות הודעת שר החינוך כי יבחן את הנושא, עדיין ישנם בתכנית משרד החינוך, תכנים נוצריים שמקורם בברית החדשה. כך לדוגמא, מפורסם סרטון של 'החברה לכתבי הקודש בישראל' גוף העוסק בקידום לימוד ורעיונות מתוך הברית החדשה, על 'מגדל בבל'. החברה לכתבי הקודש מצהירה כי הם "שואפים להפוך את דבר האלוהים, התנ"ך והברית החדשה לדבר זמין ונגיש".
