במהלך תוכנית הפטריוטים, מתח פרופ' משה כהן-אליה ביקורת חריפה על ערוץ 12, בטענה לצביעות בסיקור כשלים ביטחוניים. הפרופ' התייחס לאופן שבו הערוץ מגיב לאירועים כמו טיסת פליי דובאי, והצביע על שינוי בעמדה כלפי גופי הביטחון כמו השב"כ והמוסד, בהתאם לזהות הפקידים המעורבים.
כהן-אליה ציין כי "תמיד שיש פאשלה של הפקידים, מעניין לראות מה ערוץ 12 אומרים". הוא הוסיף כי "בדרך כלל הם מגנים עליהם כל עוד זה פקידים שלהם". הפרופ' תהה על השינוי בגישה: "כמה קצף יצא להם וכמה אגרסיה על השב"כ והמוסד? פתאום הם תוקפים את השב"כ והמוסד, למה? כי זה זיני וגופמן".
לדבריו, עמדת ערוץ 12 כלפי הפקידים אינה עקבית, אלא "פונקציה של מי הם הפקידים עצמם". הוא הדגיש כי כאשר מדובר בפאשלה של פקידים מסוימים, הערוץ משנה את טעמו ומפנה אליהם אש, בניגוד לגישה המגוננת כלפי פקידים אחרים.
