גיל לימון נחשב לאחת הדמויות המשפיעות ביותר במערכת המשפט הישראלית, אף שרבים בציבור אינם מכירים את שמו. בשנים האחרונות הוא היה מעורב בשורה של סוגיות משפטיות וציבוריות מהרגישות ביותר, ולפי מבקריו השפעתו חרגה הרבה מעבר למתן ייעוץ משפטי והגיעה גם לעיצוב מדיניות וקבלת החלטות בדרג המדיני.
מסלולו של לימון החל בייעוץ המשפטי באזור יהודה ושומרון, ובהמשך הפך לאחד מאנשיו הקרובים של היועץ המשפטי לממשלה לשעבר אביחי מנדלבליט. לאחר שנים לצדו מונה למשנה ליועצת המשפטית לממשלה – תפקיד שנחשב לאחד הבכירים והמשפיעים ביותר במערכת המשפט.
אחת הסוגיות המרכזיות שעליהן נמתחת ביקורת נוגעת להליך מינויו לתפקיד. מבקרי המינוי מצביעים על כך שמנדלבליט, שהיה הממונה הישיר של לימון במשך שנים, עמד גם בראש ועדת האיתור שבחרה בו לתפקיד. ח"כ אביחי בוארון טוען כי "כשמנדלבליט יושב בראש ועדת האיתור של גיל לימון, בוא נאמר כך, הוא עמל קשות לאתר אותו". לדבריו, "מנדלבליט יושב בראש ועדת האיתור לתפקיד שאחראי על כל ניגוד העניינים".
גם עו"ד יצחק בם מטיל ספק בהליך הבחירה וטוען כי "ללא הקשר בין גיל לימון למנדלבליט היה קשה לו להיבחר לתפקיד".
אחת מנקודות המבחן הראשונות שבהן, לטענת מבקריו של לימון, באה לידי ביטוי תפיסת עולמו המשפטית הייתה בפרשת עמונה ובמתווה נכסי הנפקדים. לטענתם, הייעוץ המשפטי לא הסתפק במתן חוות דעת מקצועיות, אלא השפיע באופן ישיר על עיצוב המדיניות ועל גבולות שיקול הדעת של הממשלה.
לימון היה מעורב גם בתיקי ראש הממשלה בנימין נתניהו. בין היתר נבחנת מעורבותו בהליכי השימוע, בגיבוש כתבי האישום ובסוגיות נוספות שנגעו לניהול התיקים – סוגיות שהפכו אותו, לטענת מבקריו, לאחת הדמויות המשמעותיות ביותר במערכת אכיפת החוק.
ח"כ אביחי בוארון מתאר גם שיחה שקיים עם לימון לאחר כניסתו של מנדלבליט לתפקיד היועץ המשפטי לממשלה. "גיל לימון התקשר ואמר לי: 'מנדלבליט הוא יותר לא מזכיר הממשלה אלא היועץ המשפטי לממשלה, ואנחנו לא יכולים להיות זמינים ולנהל שיח עם אנשים מהשורה. אנחנו מבקשים לא להתקשר יותר'", הוא מספר.
בהמשך הוא מתאר עימות נוסף ביניהם. "גיל לימון אמר לי: 'אתה מאיים עליי?' אמרתי לו: 'אני לא מאיים, זו סיבה ותוצאה'. הוא מחק את ההודעה", טוען בוארון.
עורך הדין ערן בן ארי מותח ביקורת חריפה על לימון ואומר: "אבא שלי הזהיר אותי – מה שאתה רואה זה לא מה שבאמת יש בפנים, יש לו אג'נדה והיא לא בכיוון". לדבריו, "זה אדם שתסתכל שבע פעמים לפני שאתה מאמין למה שיוצא לו מהפה".
בן ארי מוסיף כי "אסור שהמערכת המשפטית תאבד את אמון הציבור. הם ידעו את זה ולא היה אכפת להם", וטוען עוד כי "גיל לימון הסתחרר מהכוח ולקח אותו למקומות הזויים".
לצד הטענות המובאות נגדו, הדיון סביב גיל לימון משקף מחלוקת רחבה יותר על תפקידו של הייעוץ המשפטי בישראל, על גבולות סמכותו ועל מערכת היחסים שבין הדרג המשפטי לבין הממשלה הנבחרת.
