מליאת הכנסת דנה כעת באחד החוקים הדרמטיים ביותר מבין חוקי הרפורמה המשפטית- הוצאת מח"ש מהפרקליטות. את החוק יזם ח"כ משה סעדה, והוא קובע כי המחלקה לחקירות שוטרים תוצא לראשונה מידיה של פרקליטות המדינה ומשליטתם של ראשי המערכת היועצת המשפטית לממשלה ופרקליט המדינה, ותתפקד כגוף עצמאי ובלתי תלוי.

עצמאות המחלקה, שתהיה עם אישור החוק, ארגון נפרד שאינו נתון למרות הפרקליטות, הינה קריטית במיוחד נוכח מספר שערוריות בהם היה מעורב לכאורה הארגון, שבעיני גורמים רבים הפך במרוצת השנים למעין "מליציה פרטית" של היועמ"שית וגוף חקירתי נגד שוטרים ואזרחים הסר באופן מוחלט למרותה.
בין השאר הוזכרה מח"ש כמי שהייתה מעורבת בחקירות שנויות במחלוקת של אבישי מועלם, ראש לה"ב 433 מני בנימין, וקובי יעקובי ראש שירות בתי הסוהר- שהמשותף לכולם הוא סירובם להיכנע לתכתיביה של היועמ"שית.

החוק, שכאמור אותו יזם סעדה, בכיר מח"ש בעצמו, נשען בעיקרו על דו"ח מבקר המדינה בנושא, שקבע כי המצב בו מח"ש היא חלק מאגפי פרקליטות המדינה ללא הפרדה מבנית ביניהם מהווה ניגוד ענייני מוסדי. בדו"ח קבע המבקר כי "הכפיפות של מח"ש לפרקליטות המדינה, לצד שיתוף הפעולה ההדוק והיומיומי בין הפרקליטות למשטרה בתיקים פליליים רגילים, עלולים ליצור ניגוד אינטרסים מבני. שיוך ארגוני זה, לדבריו, "מעיב על עצמאותה".
עוד קבע המבקר כי בהמלצתו יש להקים צוות מקצועי "שיבחן מחדש את ההיבטים הארגוניים והתפקודיים של מח"ש". הוא הדגיש כי יש לבחון מודלים שיבטיחו "עצמאות מלאה" של כלל הגורמים המטפלים בתלונות נגד שוטרים, תוך סקירת מגמות בעולם שנוטות לעבר גופי בדיקה חיצוניים ועצמאיים לחלוטין.

הדו"ח חשף כי למרות שתפקידה לחקור את המשטרה, מח"ש עדיין תלויה במשטרה לצורך קבלת כלים, אמצעים ומעטפת מבצעית מסוימת, כמו ליווי עצורים או הגנה על חוקרים. המבקר קבע כי מצב זה פוגע באי-התלות של המחלקה.
לאחר פרסום הדו"ח, מינה שר המשפטים, כמומלץ בדו"ח, צוות מיוחד לבחינת מעמדה של מח"ש והטיל עליו את המנדט להמליץ לממשלה שורה של שינויים מבניים שיבטיחו את עצמאות הארגון. הצוות, בראשות מנכ"ל משרד המשפטים, המליץ להוציא את מח"ש מידיה של הפרקליטות ולהקים אותה מחדש כגוף עצמאי. החוק של סעדה קובע כי מח"ש תהיה עצמאית ומנהלה ימונה על ידי צוות מקצועי שיקים מנכ"ל משרד המשפטים.
היועצת המשפטית לממשלה ופרקליט המדינה התנגדו בנחרצות להוצאת מח"ש מהפרקליטות, קרי משליטתם, וביום הנחת החוק על שולחן הכנסת, לפני כשלוש שנים, פצחו עובדי פרקליטות המדינה בשביתה כללית כמחאה על החוק.
