מסתערבי מג"ב איו"ש, בשיתוף פעולה והכוונה מודיעינית מדויקת של שירות הביטחון הכללי, סיכלו הלילה (בין רביעי לחמישי) פיגוע טרור שעמד לצאת אל הפועל בטווח הזמן המיידי. הלוחמים נכנסו לפעילות חשאית ומסוערבת בעיר שכם שבגזרת חטיבת שומרון, סגרו על המבנה שבו הסתתרו שני המחבלים והחלו בניהול משא ומתן עימם. בעקבות הלחץ המבצעי והכיתור המהיר, בחרו שני המחבלים להסגיר את עצמם לידי הכוחות, נעצרו ללא חילופי אש והועברו באופן מיידי להמשך חקירה של חוקרי השב"כ במטרה לנטרל את איום התשתית שמאחוריהם.

הפעילות המבצעית בשכם התנהלה תחת מעטה חשאיות כבד ובמהירות אופיינית לכוחות המיוחדים. הלוחמים המיוחדים של מג"ב איו"ש חדרו למרחב העיר שכם בצורה מסוערבת, מבלי לעורר את חשדם של המקומיים או של פעילי הטרור בשטח. מיד עם הגעתם לנקודה המדויקת שסופקה על ידי חוקרי המודיעין של השב"כ, ביצעו הלוחמים סגירה הרמטית על המבנה שבו מצאו המחבלים מקלט.
עם השלמת הכיתור על בית המסתור, החלו כוחות הביטחון בניהול משא ומתן מול המבוקשים שהתבצרו בפנים, תוך הפעלת לחץ מבצעי כבד. לאחר זמן קצר, הבינו שני המחבלים כי נסגרו כל צירי המילוט, וכי אין להם סיכוי להתעמת עם המסתערבים; השניים הרימו ידיים, יצאו מן המבנה והסגירו את עצמם באופן מלא לידי הכוחות בשטח.

שני החשודים נכבלו, הועלו לרכבי המיגון והועברו ישירות למתקני החקירות של שירות הביטחון הכללי, שם הם נחקרים בשעה זו על מנת להבין את מתווה הפיגוע המדויק שתכננו, האם היו מעורבים בכך גורמי מימון והכוונה חיצוניים, והאם קיימים אמצעי לחימה או שותפים נוספים שהיו אמורים לקחת חלק בתרחיש האימה שסוכל.
