עשרות אלפי שוהים בלתי חוקיים (שב"חים) חודרים לישראל מדי שנה דרך פרצות בגדר, ללא פיקוח ובקרה. הסרט החדש "השב"חים" צולל אל תוך אחד המחדלים הביטחוניים הגדולים ביותר, וחושף כיצד מערכות המדינה – מהממשלה ועד כוחות הביטחון – מתקשות, ואולי אף נמנעות, מלטפל באיום המתגבר שהופך את הגבול להמלצה בלבד.

הסרט מתעד מקרוב את הפעילות המבצעית של לוחמי מג"ב, הנמצאים במרדף "חתול ועכבר" מתמיד מול המסתננים. בפרק הראשון נחשפת מציאות מטרידה, בה לעיתים אזרחים ישראלים מסייעים לשב"חים לחצות את הגדר ולהסתתר. "רוב התושבים עוזרים להם, לא לנו", מעיד אחד הלוחמים, ומצייר תמונה של אוזלת יד מערכתית ואובדן שליטה בשטח.
התחקיר אינו עוצר בגדר הפרוצה, אלא חושף את הקשר הישיר בין כניסת השב"חים לטרור הרצחני. מומחים ועדויות מהשטח מראים כיצד ארגוני הטרור רואים בשוהים הבלתי חוקיים כלי מבצעי לאיסוף מודיעין על בסיסי צה"ל ונקודות תורפה, ולהוצאת פיגועים לפועל. עדות מצמררת של דור שחר, שגדל כפלשתיני, חושפת כיצד אביו שעבד בישראל 27 שנה אמר לו: "אתה רואה את הכלבים האלה (החיילים)? צריך לרצוח אותם".
