למרות החוק המפורש, המעניק לממשלה את הסמכות להקים וועדת חקירה ממלכתית, בג"ץ דן היום בעתירות להקמת וועדת חקירה כזו באופן כפוי גם ללא הסכמת הממשלה. כעת חושף עו"ד דניאל כהן, היועץ המשפטי לשעבר של מפלגת העבודה, כי בית המשפט כבר נתן דעתו בעניין, במהלך דיון בעתירה לחייב את הממשלה להקים וועדת חקירה ממלכתית בפרשה, וקבע כי לא ניתן לחייב את הממשלה להקים ועדת חקירה שכזו.
2+העתירה הוגשה בשנת 2020 על ידי התנועה לאיכות השלטון ואחרים, אותה תנועה שעתרה גם הפעם. בהחלטה, בה ישבו בהרכב השופטים יצחק עמית, נועם סולברג וניל הנדל, נאמר כי "אין תקדים למקרה שבו בית משפט זה הורה לממשלה להקים ועדת חקירה. לא בנושאי מלחמה וביטחון, לא בנושאי מנהל תקין וחשד לשחיתות ציבורית, לא בנושאים כלכליים ולא בנושאים פוליטיים".
2+מפרוטוקול ההחלטה עולה עוד כי השופט סולברג עצמו, היושב כעת בראש הרכב השופטים, קבע אז בהחלטתו כי "עינינו הרואות כי 'הממשלה רשאית להחליט' (ההדגשה במקור. מ"ט).. נמצא איפוא, בהתבסס על לשון החוק ועל ההיסטוריה החקיקתית, וכפי שהראה חברי השופט יצחק עמית, בהסתמך על ההלכה הפסוקה ועל דברי מלומדים, כי הקמת ועדת חקירה ממלכתית עניין הוא לממשלה לענות בו, ולא לבית המשפט".
2+ההחלטה שלא לחייב את הממשלה להקים ועדת חקירה התקבלה ב-22.7.21 פה אחד. לדברי עו"ד כהן, על בסיס חוק ועדות חקירה תשכ"ט 1968 הוקמו עד היום כ- 20 ועדות חקירה ממלכתיות. כולן בהחלטת ממשלה. הוא מציין כי חוק מבקר המדינה תשי"ח 1948, קובע כי גם לוועדת ביקורת המדינה של הכנסת סמכות להקים ועדת חקירה ממלכתית, גם נוכח התנגדות הממשלה. עד היום, הוא מציין, הוקמו 4 ועדות חקירה כאלה על ידי הוועדה.
חוק נוסף המאפשר הקמת ועדת חקירה ממשלתית מוענק לממשלה מכוח חוק יסוד הממשלה תשס"א 2001. ממשלת אולמרט עשתה שימוש בסמכותה זו והקימה את ועדת וינוגרד לחקר כשלי מלחמת לבנון השניה.
