ממשלת ישראל ושר הביטחון הגישו לבג"ץ תגובה מקדמית חריפה לעתירות נגד סגירת גלי צה"ל, וקבעו כי ההחלטה התקבלה בסמכות חוקית מלאה, בהליך תקין, ועל בסיס תשתית משפטית מוצקה – ללא צורך בחקיקה ראשית.

בתגובה נטען כי עצם קיומה של תחנת רדיו העוסקת באקטואליה ופוליטיקה במסגרת יחידה צבאית מהווה "אנומליה דמוקרטית חסרת תקדים", שאין לה מקבילה בדמוקרטיות המערב. לדברי הממשלה, השילוב בין גוף צבאי היררכי לבין שיח תקשורתי ביקורתי ופוליטי גורר את צה"ל, בעל כורחו, ללב המחלוקות הציבוריות ופוגע בעקרון הממלכתיות והא-פוליטיות של הצבא.
עוד נטען כי קיימת "בעיה ערכית חמורה" בכך שחיילי חובה עוסקים בסיקור, דיווח ופרשנות של נושאים פוליטיים ושנויים במחלוקת. גם ניסיונות להפריד בין חיילים לאזרחים בתחנה אינם פותרים את הבעיה, שכן בעיני הציבור גלי צה״ל נתפסת כגוף צבאי, וכל אמירה בה מיוחסת לצה״ל עצמו.

הממשלה מוסיפה כי פעילות התחנה יוצרת "עיוות משמעותי בשוק התקשורת", מאחר שהיא נהנית מתקציב ציבורי, מפרסומות וחסויות, משימוש בתדרים ארציים – משאב לאומי מוגבל, ומכוח אדם זול בדמות חיילים סדירים. יתרון זה, נטען, פוגע בתחרות ההוגנת ובחופש הביטוי במובנו המבני.
בתגובה נסקרת גם ההיסטוריה הארוכה של הפולמוס סביב התחנה. מאז הקמתה ב-1950, לדבריה, כמעט כל שר ביטחון ורמטכ״ל שקלו בשלב כזה או אחר את סגירתה, הפרטתה או הוצאתה מצה״ל. ועדות ממשלתיות רבות עסקו בנושא לאורך השנים, ורבות מהן התריעו מפני הרחבת העיסוק באקטואליה ופוליטיקה.

הממשלה מדגישה כי גלי צה״ל הוקמה בהחלטת ממשלה – ולא בחקיקה ראשית – ולכן גם ניתן לסגור אותה בהחלטת ממשלה. לטענתה, כלל היועצים המשפטיים, הפצ"רים והיועמ"שים שעסקו בנושא לאורך השנים קבעו כי הסמכות לכך נתונה לממשלה ולרמטכ״ל, וכי אין מדובר ב"הסדר ראשוני" המחייב חקיקה בכנסת.
עוד נטען כי לא חל כל שינוי נורמטיבי במצב המשפטי: הדין לא השתנה, אלא רק זהות הממשלה. לשיטת המדינה, במדינת חוק אין חילופי שלטון משנים את כללי המשפט המנהלי.

באשר לחופש הביטוי, הממשלה טוענת כי גם אם קיימת פגיעה מסוימת – מדובר בפגיעה מצומצמת בלבד, נוכח קיומו של שידור ציבורי אזרחי פעיל, עצמאי ומעוגן בחוק, המשדר אקטואליה בפריסה ארצית.
בסיכום מבקשת המדינה מבית המשפט לדחות את העתירות, לקבוע כי ההחלטה התקבלה כדין, ולהכיר בסמכותה המלאה של הממשלה, מכוח המרות האזרחית על הצבא, להורות על סגירת גלי צה"ל.
