לאחר 738 ימים ארוכים ומייסרים, אלקנה בוחבוט יצא לחופשי משבי החמאס. הימים הקשים במנהרות ובידי המחבלים לא הצליחו לשבור את רוחו, גם ברגעים בהם המוות ריחף מעל ראשו וגם כאשר שוביו ניסו לשבור את זהותו. בסרט המטלטל "סודות מהשבי", בוחבוט מדבר בפתיחות נדירה על הזוועות, הגעגועים והרגעים הקטנים של תקווה.
בחשיפה מצמררת, מספר אלקנה כיצד המחבלים הארורים הציבו בפניו אולטימטום אכזרי: להתאסלם או למות. "הם אמרו לי שאני חייב להתאסלם, ואם לא – הם יהרגו אותי", הוא משחזר. אלקנה, שבחר בחיים כדי לחזור לבנו ולאשתו, עבר את הטקס הכפוי, אך מדגיש כי אמונתו בבורא עולם מעולם לא אבדה, אלא רק התחזקה. "האצבע בעין שלי היא שאני יושב פה עם משפחתי", הוא אומר, ומספר כיצד המשיך למלמל פרקי תהילים, כמו "מזמור לתודה" ו"שיר למעלות".

בקטע מרגש במיוחד, אלקנה מבקר בבית העלמין הצבאי כדי להודות למי שבזכותם הוא חי. הוא עומד מעל קברו של רס"מ ארתור אהרון פרקוביצ'י ז"ל, שוטר שנפל בקרב הגבורה ב-7 באוקטובר, ומודה לו בדמעות: "אם לא המשטרה באותו יום, האסון הזה היה הרבה יותר גדול". בוחבוט מבקש להעביר מסר למשפחות הנופלים, בהם גם משפחתו של סמ"ר ענבר אברהם קב ז"ל: "בזכותכם אני פה על הרגליים".
החיים בשבי היו רצופים בהתעללות פסיכולוגית קשה. אלקנה נזכר בארוחה "חגיגית" שהגישו לו המחבלים, רק כדי לגלות את הסיבה המזעזעת: "זה בשביל שתחגוג את זה שהחיילים שלכם מתו". אך לצד האכזריות, היו גם רגעים שחשפו את שבירתם של המחבלים מול עוצמתו של צה"ל. בוחבוט מתאר רגע דרמטי בו המחבל שהחזיק בו נשבר והודה בפניו בייאוש: "אין חמאס – נגמר", עדות לכתישה הצבאית שהובילה בסופו של דבר לשחרורו.

הלב של הסרט נמצא בקשר שבין אלקנה לבנו הקטן, רעם. המצלמה מתעדת רגעים שמרסקים את הלב: אלקנה אוחז במשקפת קרטון שהכין בנו בזמן שאביו היה חטוף, איתה היה מסתובב ואומר "אני רוצה לחפש את אבא". בשיא הרגש, אלקנה מקריא לבנו את מכתב יום ההולדת שכתב לו מתוך השבי, מילים של אהבה ותקווה שנכתבו בחשכה והוקראו באור החופש.
בימים אלה, אלקנה ומשפחתו מנסים להשתקם ולבנות את חייהם מחדש לאחר התקופה הממושכת בשבי, ופותחים בקמפיין גיוס המונים על מנת לשרוד את המציאות הכלכלית והנפשית החדשה שנכפתה עליהם.
