מפכ"ל המשטרה דני לוי תקף בחריפות יוצאת דופן את פרופ' משה כהן-אליה לאחר שפרסם ב-C14 טור שמעז למתוח עליו ביקורת. "קראתי ונדהמתי: מדובר בדברי הבל של אדם, שלא ראה ולו יום בחייו, ניהול חקירה, שמתעסק בתאוריה ולא בפרקטיקה. מי הוא שמעז לכנות אותי בשמות גנאי ולהוציא דיבתי?!?". סימני השאלה והקריאה במקור.
גורמים בכירים במשטרה המקורבים למפכ"ל כינו את דבריו של כהן-אליה, שכל חטאו כאמור היה שהעז למתוח ביקורת על אי זימונה של היועמ"שית לחקירה, "דברי בלע שמהווים חציית קו אדום". לדבריהם, "לאורך 40 שנות שירותו, היה המפכ"ל דני לוי ועודנו, מהמפקדים המוערכים והבולטים בארגון, בזכות יכולותיו המקצועיות, ערכיו והיותו בעל אומץ פיקודי ומבצעי, שמעטים ניחנים בהם".

הגורמים המשיכו ותקפו בחריפות, ברמה האישית, את כהן-אליה. "הכינוי פחדן וחסר עמוד שדרה, לאדם ומפקד כמוהו, מעיד על בורות וחוסר חיבור למציאות – של אדם קטן, שידו קלה על המקלדת, שיושב תחת הפלורסנטים לאורך שנים, מרצה וכותב מאמרים, בזמן שמפכ"ל המשטרה נמצא ברחובות יחד עם השוטרים והלוחמים ופועל למען הציבור".
"אין סיבה להעניק פריבילגיה ליועמ"שית"
בתגובה שמסר פרופ' משה כהן-אליה ל-C14, הוא הבהיר כי הביקורת שלו אינה מופנית כלפי הארגון עצמו: "אני מלא הערכה למשטרת ישראל ולשוטרים האמיצים שבה. עם זאת, אני מתקשה להשתכנע שמפכ"ל המשטרה נקט בצעדים הנדרשים כדי להבטיח ששלטון החוק במדינת ישראל יופעל באופן שוויוני כלפי כל אדם".
כהן-אליה תקף את מה שהוא מגדיר כחסינות בפועל ממנה נהנית היועמ"שית: "אין כל סיבה להעניק ליועמ"שית פריבילגיה כלשהי ולהימנע מהצבת דרישה לניצב בלאט, ראש אח"מ, להשלים את החקירה בתיק הפצ"רית תוך זימונה למתן עדות בפרשיה שהיא האחראית הראשית על ניהולה".

הפרופסור אינו חוזר בו מהביקורת על "חוסר עמוד השדרה" שייחס למפכ"ל, אך הציע דרך ליישב את ההדורים: "ברגע שכך יפעל מפכ"ל המשטרה, אתרשם שיש לו עמוד שדרה, ואתנצל על דבריי אם אכן היו מוקדמים מדי". לסיום, העביר כהן-אליה את הכדור למגרשו של רב-ניצב לוי: "בשלב זה, הנטל מוטל על מפכ"ל המשטרה הנכבד, דני לוי".
בטורו טען משה כהן-אליה כי מפכ"ל המשטרה מפחד. "הוא מקבל, להערכתי, איתותים חוזרים ונשנים מהפרקליטות שייפתחו לו תיק אם הוא יזמין את היועמ"שית גלי בהרב מיארה למתן עדות בתיק הפצ"רית לשעבר, יפעת תומר ירושלמי" כתב.

הוא הוסיף כי "בפברואר הוא כבר קיבל איתות מקדים עוד לפני שהפרשה התפוצצה, בתחקיר של קשת 12, שלפיו שהוא שדרג את הווילה שלו ובנה חומה ובריכה פרטית ללא אישור. לפני שבוע פרסם בטאון הפלג הרדיקלי של ההגמוניה הישנה "הארץ" "תחקיר" שממנו עולה שסגן המפכ"ל המיועד ניסה להשכיר את המרתף בביתו בניגוד לחוק, עוד בטרם קיבל היתר לפיצול ביתו".
