בתפילת ההלל שהתקיימה הבוקר (חמישי) מול חומות העיר העתיקה בהשתתפות אלפי אנשים, התייחס הרב שמואל אליהו לעסקת החטופים והציג תחושות מעורבות ביחס אליה: שמחה על השבת החטופים מחד, ומאידך גם כאב על המחבלים שמשתחררים ועל החטופים שאינם בין החיים.
את התפילה הוביל הרב אייל יעקובוביץ' ראש ישיבת ההסדר בצפת בליווי נגנים. בתפילה השתתפו גם שר המורשת עמיחי אליהו, וחברת הכנסת לימור סון הר מלך, ומנכ״ל משרד ירושלים ומסורת שימי אלבוים. בנוסף השתתפה ג'וליה קופרשטיין, אם החטוף שצפוי להשתחרר בר קופרשטיין.

בדברים שנשא לפני תחילת ההלל, אמר הרב שמואל אליהו: "במיוחד ביום הזה, בו אנו מתבשרים על אחינו שחוזרים הביתה, עין במר בוכה ולב שמח. שמחים ששבו בנים לגבולם, שמחים על שורת הניצחונות הגדולה מול ציר הרשע".
עוד הרב אמר: "אנו בוכים על אלה שלא זכו לחזור חיים, וכואבים על המחיר הכבד. יחד עם זאת, אנו מודים להקב"ה על הטוב שהוא גומל לנו, גם כשמשוחררים מחבלים ושמחים על שחרור יקירינו. אנו כואבים על החיילים שמסרו את נפשם והביאו את השחרור הזה, ועל החיילים שנפצעו ומשפחותיהם".

רגע מרגש נרשם בתפילת ההלל מול חומות העיר העתיקה, כשג׳ולי קופרשטיין, אימו של החטוף בר קופרשטיין, שרה בדמעות יחד עם הרבנית רחל בזק, חברת הכנסת לימור סון הר מלך ושאר המתפללות: "אם תמצאו את דודי מה תגידו לו, שחולת אהבה אני".
עד כה השתתפו כ-20,000 מתפללים בתפילות ההלל החגיגיות, בשתיים מתוך חמש התפילות המתוכננות בחול המועד. מחר תתקיים תפילה חגיגית נוספת בבית הסארייה בצפת, ביום ראשון בקצרין, וביום שני במתחם הנובה ברעים, בהשתתפות משפחות חטופים ומשפחות שכולות, לציון שנתיים לטבח שמחת תורה.
