הממשלה הגיבה הערב (מוצ"ש) לעתירות נגד הדחת ראש השב"כ רונן בר וטענה כי יש לדחותן על הסף: "אם תתקבל עמדת העותרים והיועצת המשפטית לממשלה, הרי שנקבל כוח ביון מזוין "עצמאי" ללא כפיפות לשלטון הדמוקרטי במדינה".
בתשובה לעתירות נכתב: "בית המשפט הנכבד איננו הפורום להכריע מי יעמוד בראש שירות הבטחון הכללי. אין לו את הסמכות לכך, אין לו את הכלים לכך ואין לו את האחריות הנובעת מהכרעות אלה המצויות כולן בידי הציבור באמצעות נבחריו.
1+"אם תתקבל עמדת העותרים והיועצת המשפטית לממשלה, הרי שנקבל כוח ביון מזוין 'עצמאי' ללא כפיפות לשלטון הדמוקרטי במדינה. נקבל רשות מבצעת שמוטלת עליה האחריות לביטחון המדינה ותושביה אך מבלי שיש לה שליטה ואמון בגוף ביטחוני-ביצועי ראשון במעלה.
הממשלה טענה כי הדבר יוביל למהפכה במבנה השלטוני בישראל: "כל זאת, בניגוד למושכלות היסוד הראשוניים ביותר בתורת הפרדת הרשויות בניגוד מוחלט למקובל בכל הדמוקרטיות המערביות ובניגוד מוחלט לחוק בישראל.
1+"אזרחי ישראל ימצאו עצמם ללא כתובת אחת ברורה שיוכלו לתבוע ממנה אחריות לביטחונם בעיצומה של מלחמה מהקשות והמורכבות שידעה ישראל. בית המשפט ימצא עצמו מבצע מהפכה במבנה השלטוני בישראל שאין לה אח ורע באף דמוקרטיה בעולם".
כמו כן נכתב: "עמדת היועצת לפיה אין דחיפות בפיטורי ראש השב"כ מנותקת מהמציאות. כל יום של עיכוב עלול להסתיים באסון כבד. התערבות שיפוטית בנושא ביטחוני בלתי שפיט שכזה תהווה חוסר אחריות לאומי ועלולה לעלות בחיי אדם".
