עסקאות חילופי שבויים החלו מיד לאחר מלחמת העצמאות שבה נשבו כמעט 900 אזרחים וחיילים. לאחר מכן הגיעה היסטוריה של עשרות, אם לא מאות מו"מ מול מדינות ערב שבמסגרתם שוחררו לוחמים או מחבלים ערביים בתמורה לאזרחים. במהלך 76 שנות קיומה, מדינת ישראל השלימה לפחות 32 עסקאות לשחרור שבויים.
בזמן מלחמת העצמאות שבה נשבו 886 אזרחים וחיילים ישראלים ביניהם זקנים, נשים וילדים בידי מדינות מצרים, ירדן וסוריה, קיימה ישראל משא ומתן על שחרורם שהתנהל מול כל ממשל ערבי בנפרד. רובם השתחררו במהלך שנת 1949 במסגרת הסכמי שביתת הנשק שנחתמו מול מדינות ערב. חלק מהשבויים עברו עינויים ונמצאו בתנאי שטח קשים.

העסקה הבאה התרחשה בשנת 1956, לאחר שבשנה הקודמת חמישה חיילי צה"ל נחטפו ועונו בגבול סוריה. העינויים היו כה קשים שאחד החיילים, אורי אילן לא עמד בהם והתאבד, לאחר שנאמר לו כי שאר חבריו ליחידה נהרגו. ישראל שחררה 40 חיילים סורים שנתפסו על ידי צה"ל, תמורת גופתו של אילן ושאר החיילים השבויים.
לאחר מלחמת סיני, 5,500 אסירים מצריים שוחררו תמורת טייס ישראלי ושלושה חיילים נוספים. בשנת 1957, חמישה מלחים ישראלים ורב חובל איטלקי שנתפסו על ידי חיל הים המצרי, שוחררו תמורת שישה מלחים מצריים שנעצרו על ידי ישראל בחוף זיקים. עסקה נוספת מול ירדן התנהלה בשנת 1958, שבה האזרח עזרא סוריאנו שחצה בטעות את הגבול לירדן, השתחרר תמורת אסיר שנשפט למאסר בגין הסתננות.

בשנות השישים התקיימו כמה עסקאות לשחרור שבויים, אחת מהן הייתה ללא תמורה. בשנת 1968 שוחררו 12 חיילים ירדנים שנפלו בשבי. גופתו של חייל ישראלי שנעלם ושתי גופות נוספות היו אמורים להתקבל בתמורה, אך הארונות הכילו אבק בלבד. החיילים עד היום מוגדרים כנעדרים.
לאחר מלחמת יום כיפור, מצרים וסוריה לקחו בשבי 293 שבויים ישראלים, ואילו ישראל שבתה 8,372 מצרים, 392 סורים ומספר שבויים עיראקים ומרוקאים. בשנת 1975 ישראל שיחררה 92 מחבלים ואסירים ביטחוניים תמורת 39 חיילי צה"ל שנהרגו במלחמה. מאוחר יותר באותה השנה, 20 אסירים השתחררו בתמורה לגופותיהם של אליהו חכים ואליהו בית צורי לוחמי הלח"י.

עסקת ג'בריל הראשונה, שנשמעה בתקשורת לא מעט לאחרונה, נערכה בשנת 1978, לאחר שחייל מילואים נשבה בטיול עם חבריו במהלך התקלות עם מחבלים. לאחר כמעט שנה בשבי תחת אחמד ג'בריל, 76 מחבלים שפוטים, בהם אחד מחוטפי מטוס סבנה שוחררו תמורת החייל.
שנות השמונים התאפיינו במספר עסקאות שחרור מחבלים קשות. בשנת 1983 4,598 מחבלים שוחררו תמורת שישה חיילי נח"ל שבויים. בשנת 1985, עסקת ג'בריל השניה נחתמה כאשר במסגרתה למעלה מ-1,000 אסירים ועצירים ביטחוניים שוחררו בתמורה ליוסף גרוף, ניסים סאלם וחזי שי, שלושה חיילי צה"ל שנתפסו בלבנון.

בשנת 1998, הוחלפו שרידיו של איתמר איליה חייל צה"ל, בתמורה ל-65 אסירים לבנונים וגופותיהם של 40 לוחמי חיזבאללה וחיילי לבנון. במסגרת העסקה, שרידיו של האדי נסראללה, בנו של חסן נסראללה החוזרו.
עסקה נוספת התקיימה מול חיזבאללה בשנת 2004 שבה שוחררו 450 מחבלים בתמורה לחייל אלחנן טננבאום וגופות שלושת חיילי צה"ל עדי אביטן, בני אברהם ועומאר סואעד שנחטפו מהר דב. במסגרת עסקה זו, הוקמה ועדת שמגר שבחנה את סוגיית שחרור מחבלים בתמורה לחטופים. בוועדה נקבע כי שחרור חייל חטוף יהיה תמורת מספר אסירים בודדים, ואילו שחרור גופה תתבצע רק מול שחרור גופה. המלצות הועדה לא קיבלו תוקף מחייב.

כמה שנים לאחר מכן, ב-2008, ישראל שחררה את רב המרצחים סמיר קונטאר יחד עם ארבעה לוחמי חיזבאללה ו-199 מחבלים פלשתינים, בתמורה לגופות החיילים אהוד גולדווסר ואלדד רגב. במסגרת עסקה זו חיזבאללה נתן גם דו"ח אודות גורלו של רון ארד שבו טענה כי ככל הנראה איננו חי.
העסקה המוכרת ביותר, עליה ישראל משלמת בדם עד היום הייתה בשנת 2011, בה שוחרר החייל גלעד שליט, שנשבה בידי חמאס, בתמורה ל-1027 מחבלים ואסירים פלשתינים. אולם עסקה זו הגיעה לאחר שבשנת 2009 שחררה ישראל 20 מחבלות בתמורה לסרטון תיעוד של שליט חי. לפי השב"כ כ-800 אסירים ששוחררו במסגרת עסקת שליט חזרו לאחר מכן לטרור, ביניהם יחיא סינוואר שהוביל את הטבח בשביעי באוקטובר.

בדו"ח מבקר המדינה שפורסם בשנת 2023, צוין כי מאז הצגת דו"ח ועדת שמגר בשנת 2014 עד 2023 לא בוצעו דיונים על מסקנות הוועדה בממשלה, בקבינט או בוועדת שרים אחרת. עוד נאמר כי מרבית המלצות הוועדה לא מיושמות בפועל. לדברי משרד רה"מ, ההמלצות לא קיבלו תוקף מחייב.
