בביקורת שנערכה על ידי משרד מבקר המדינה, הוצגו ליקויים חמורים בהיערכות מערכת האנרגיה של ישראל לשעת חירום, במיוחד בקו הצינור "אירופה-אסיה" (קצא"א), אשר עשויים היה לסכן את אספקת הדלקים בשעת חירום. המבקר מציין כי "ממשלות ישראל לא השכילו להיערך כנדרש לשעת חירום והשתהו בקבלת החלטות. משכך, במלחמת 'חרבות ברזל' וגם במבצע 'שומר החומות' מדינת ישראל נמצאה על סף פגיעה במשק הדלקים בחירום".
בנוסף, המבקר מצא כי החברה לא השלים את הערכות הסיכון הנדרשות להימנע מפגיעות בסביבה, ובעיקר לא התקבלה החלטה להוסיף רכיבי אבטחה בקו הצנרת. הוא גם מתאר בעיות בהעסקת עובדים בכירים, במיוחד היועץ המשפטי, מבלי לעמוד בדרישות המכרזים, וזאת תוך תשלום סכומים גבוהים עבור שירותים משפטיים.
2+על פי הדוח, במלחמת "חרבות ברזל" (2023-2024), ובלחימה במבצע "שומר החומות" (2021), מדינת ישראל הייתה על סף פגיעה קשה במשק הדלקים שלה בשל סיכון למפגעים במתקני קצא"א. קו הצינור המחבר את אילת ואשקלון, אשר עובר דרך אזורים רגישים ביותר לסיכוני סביבה, היה נתון לסיכון עקב דליפות שנגרמו ממפגעים חיצוניים, וטרם הושלמו פעולות לתיקון הליקויים.
במהלך הלחימה, הגבלות שהטיל המשרד להגנת הסביבה על פריקת דלקים בנמל אילת הפכו את הנמל לאי-כשיר לפעולה בזמן חירום. לאור זאת, קצא"א נאלצה להיערך באופן מאולתר לפריקת תזקיקים באופן ישיר, אך ללא יכולת אחסונם באופן מסודר.
2+הביקורת הצביעה גם על ליקויים בתהליכים פנימיים בקצא"א, במיוחד בהעסקת יועץ משפטי חיצוני ובמבקר פנימי. המבקר טוען כי החברה לא פעלה בהתאם להוראות רשות החברות הממשלתיות בנוגע להעסקת יועצים חיצוניים, מה שפוגע בשקיפות ובסדרי המנהל התקין. במיוחד, נמצא כי החברה לא ביצעה השוואת עלויות לעסקת מבקר פנימי חיצוני, בניגוד להמלצות הדוח הקודם בנושא.
כמו כן, לפי דוח המבקר, דובר החברה הועסק באמצעות חברה פרטית אשר להיסטוריה משפטית בעייתית, לאחר שהורשע בעבירות פלילים. מבקר המדינה מציין כי קצא"א לא בדקה מחדש את העסקתו לאחר ההרשעה, מה שמעורר סימני שאלה לגבי שיקול הדעת בתהליך קבלת ההחלטות.
