שירות בתי הסוהר נערך למבצע שחרור מחבלים כחלק מהחלטת הדרג המדיני לשחרור החטופים. ההיערכות כוללת שינויים מבצעיים ותכניות ייחודיות, תוך שיתוף פעולה עם גופי הביטחון השונים.
נציב בתי הסוהר, רב-גונדר קובי יעקובי, קיים דיון רב משתתפים שאישר את התוכניות המבצעיות לשחרור המחבלים. בנוסף, מתקני הכליאה 'עופר' ו'שקמה' החלו בהכנות לקליטת המחבלים הצפויים להשתחרר, בהתאם לרשימות שיועברו לשב"ס.
במהלך המבצע, שירות בתי הסוהר הנחה על שינויים בתהליך הליווי של המחבלים המשתחררים. בניגוד לעסקאות קודמות, שבהן שימשו אוטובוסים אזרחיים של הצלב האדום, הפעם הליווי יבוצע על ידי יחידות 'נחשון' ו'מצדה' של שב"ס, במטרה למנוע ביטויי שמחה פומביים בתחומי מדינת ישראל ובעיר אשקלון.
גורם ישראלי: חמאס נסוג מדרישתו לגבי זהות המחבלים המשוחררים
רב-גונדר יעקובי הדגיש את הצורך במניעת אירועים שעלולים לעורר מתיחות, וציין כי המבצע מתנהל תוך הקפדה על נהלי הביטחון המחמירים ביותר.
