עמי איילון מרבה להתראיין ולבקר את מדיניות הממשלה במלחמה נגד חמאס בעזה. עם זאת, מתברר שיש לו ביקורת גם נגד הציונות הדתית ומפעל הישיבות הדתיות לאומיות. בשיחה שהעביר לבוגרי שייטת מספר שבועות אחרי התחלתה של מלחמת חרבות ברזל, הסביר איילון כי לוחמים שבאים מישיבות ההסדר והגבוהות של הציונות הדתית "נכנסים לצה"ל מבולבלים", משום שהם מקבלים את המסר שהמלחמות מול הפלשתינים הן "מלחמות קודש".
בשיחה הסביר איילון כי יש בציונות הדתית "ענפים מאוד רדיקליים ויש הבדלים בין ישיבות". בנקודה הזו, החל איילון לדבר על הרב יצחק שפירא, ראש ישיבת עוד יוסף חי וממחברי הספר 'תורת המלך'. לדברי איילון, הרב שפירא הוא המקבילה "החמאסית ג'יהאדיסטית בוורסיה שראינו ב-7 לאוקטובר".
"הרב יצחק שפירא", אמר איילון, "שהוא בעצם.. אני אומר דברים חמורים.. ומי שירצה שיקרא את ספר תורת המלך והוא יראה שהוא המקבילה של חמאס בוורסיה הגי'האדיסטית שלו, הוורסיה שראינו ב-7 לאוקטובר. זה חלק מתורות הלחימה שהוא מפיץ בקרב בני ישיבות, דבר שמאוד מבלבל אותם. שאלות ותשובות הם פונים לרבנים הם נכנסים מאוד מבולבלים לצה"ל".
2+בהמשך ביקר איילון את פקודת הקרב המפורסמת של עופר וינטר כאשר שימש כמח"ט במבצע צוק איתן. "ומי שרוצה להבין את החומרה של פקודת היום של מח"ט גבעתי בצוק איתן (עופר וינטר).. רבותי, לבני ישיבות, ברגע שאתה אומר מלחמת קודש זה עמלק".
2+לפני שנתיים הוציא איילון ספר ביוגרפיה ובו הקדיש פרק שלם לרב יצחק שפירא מיצהר. איילון ריאיין הרב שפירא וציטט בספרו מתוך אותה פגישה. גם הרב שפירא הקליט את אותו ריאיון עם איילון. אלחנן גרונר מהקול היהודי תמלל את ההקלטה ועיתונאי מעריב, קלמן ליבסקינד, הראה בכתבה כיצד איילון פרסם ציטוטים שלא היו ולא נבראו. כך שלא מדובר בסיבוב ראשון של ראש השב"כ לשעבר עם הרב שפירא מיצהר.
בהמשך אותה שיחה עם בוגרי השייטת, טען איילון שהפלסטינים הם כמו הדמות המקראית "שמשון הגיבור". לדבריו, הפלשתינים מושפלים ואין להם מה להפסיד ועל כן הם "מתאבדים" על מדינת ישראל כמו שמשון שלחם בפלסטינים גם במותו.
פנינו לעמי איילון והוא סירב להגיב לדברים.
