הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף שרון אפק, החליט כי תת-אלוף מרדכי כהנא יועמד לדין משמעתי בגין מספר עבירות של התנהגות שאינה הולמת, נטילת ציוד שלא כדין ואי-קיום הוראות המחייבות בצבא, אך לא יועמד לדין פלילי.

כזכור, בעניינו של תת-אלוף מרדכי כהנא התנהלה חקירת מצ"ח ממנה עלה כי הקצין החזיק ציוד צבאי ואזרחי בהיקף גדול מאוד בניגוד לפקודות הצבא ולאורך זמן רב. כמו כן עלה מהחקירה כי הקצין פעל באופן בלתי הולם בממשקים שקיים עם חברות אזרחיות.
הפרקליט קבע בהחלטתו כי חומרת המעשים נובעת גם מהעובדה שבוצעו על-ידי קצין ומפקד בכיר מאוד ומנוסה, אשר אמור לשמש בהתנהגותו דוגמה אישית ליישום קפדני של פקודות הצבא.
במהלך החקירה, נטל תת-אלוף מרדכי כהנא אחריות וביקש לסיים את תפקידו ולפרוש מצה"ל. לאור זאת, ולאור העובדה שבמרבית הציוד לא נעשה שימוש פרטי, הורה הפרקליט הצבאי הראשי על טיפול פיקודי והעמדתו של הקצין לדין משמעתי.
בתגובה להחלטה מסר אל"ם רן כהן, הסנגור הצבאי הראשי, וסגן אריאל חברון, שייצגו את הקצין, מסרו: "אנו מברכים על ההחלטה לסגור את תיק החקירה בצעדים משמעתיים בלבד. אנו משוכנעים שגם הליך זה, שבמהלכו ישמיע תא"ל כהנא את עמדתו המלאה, יסתיים באופן ראוי והולם. כבר בתחילת החקירה נטל תא"ל כהנא אחריות על הדברים ועל טעויות מסוימות שביצע, אך הובהר שלא היה בהם, חלילה, היבט פלילי כלשהו".
עוד הוסיףו כי "תא"ל כהנא השלים שירות מפואר ורב פעלים של כמעט 30 שנים במערכי השדה והפיקוד וימשיך לתרום כמיטב יכולתו לבטחון ישראל. החלטתו לפרוש מצה"ל מעידה, כפי שעשה לאורך כל שירותו, על נטילת אחריות אישית.
