ועדת החקירה הממלכתית לפרשת הצוללות הוציאה הבוקר (שני) הודעת אזהרה לגורמים שעלולים להיפגע, ביניהם נמצא שר הביטחון לשעבר משה בוגי יעלון אשר חרט על דגלו מאבק לטובת החקירה ו"חשיפת הפרטים לגבי פרשת השחיתות הביטחונית החמורה ביותר בתולדות המדינה".
במכתב צויין כי יעלון "יצר מצג שווא בתצהיר שמסר לימים לבג"ץ לפיו גורמים אחרים – ולא הוא עצמו – הובילו לרכש ספינות שונות במאפייניהן ויקרות מאלה שהוצגו ואושרו בממשלה".

יעלון התבטא לא מעט ואף הוביל את המאבק נגד נתניהו ופרשת הצוללות. בשנת 2019 כתב בוגי החשבון ה-X שלו: "ברור לכל כי הייתה בפרשה זו העדפת בצע כסף על פני ביטחון המדינה. הסוד שנתניהו הסתיר ממני ומהרמטכ״ל, כאשר אישר לגרמניה למכור צוללות מתקדמות למצרים, הוא כנראה, בצע כסף!"
נתניהו היה חייב להיחקר תחת אזהרה, עם חשיפת הפרשה. זה עוד לא קרה אך עוד לא מאוחר! אנחנו בכחול לבן נדאג שתקום ועדת חקירה ממלכתית לפרשה 3000 – רק כך האמת תצא לאור!
— משה 'בּוֹגִי' יעלון (@bogie_yaalon) August 27, 2019
"נתניהו היה חייב להיחקר תחת אזהרה, עם חשיפת הפרשה", כתב יעלון בשנת 2019 והוסיף: "זה עוד לא קרה אך עוד לא מאוחר! אנחנו בכחול לבן נדאג שתקום ועדת חקירה ממלכתית לפרשה 3000 – רק כך האמת תצא לאור!"
גם הלילה אני חוזר וקובע כי פרשת הצוללות וכלי השייט היא פרשת השחיתות החמורה בתולדות המדינה!
ברור לכל כי הייתה בפרשה זו העדפת בצע כסף על פני ביטחון המדינה. הסוד שנתניהו הסתיר ממני ומהרמטכ״ל, כאשר אישר לגרמניה למכור צוללות מתקדמות למצרים, הוא כנראה, בצע כסף!— משה 'בּוֹגִי' יעלון (@bogie_yaalon) August 27, 2019
"בכל תקופת כהונתי כשר הביטחון, וכהונת ליברמן כשר החוץ, לא עלה נושא רכש צוללות או אישור מכירת צוללות למצרים, בקבינט או בכל פורום אחר שהשתתפתי בו", כתב בוגי יעלון בינואר 2019.
