בתחקיר שקיים ראש השב״כ לאחר הסערה על שחרור מנהל בית החולים שיפא, נקבע כי לא היה מדובר בכשל ערכי או מקצועי, אלא בטעות בשיקול הדעת, שלא לקחה בחשבון היבטים נוספים מעבר למסוכנות בשחרור מנהל בית החולים שיפאא.
"בסופו של דבר האירוע נבע מצורך מדינתי שנכפה על השב״כ להחליט מי הכי פחות יהווה סיכון עם שחרורו, זאת ברקע מצוקת הכליאה בבתי הכלא", מסבירים בשב"כ.

עוד הם מוסיפים כי מנהל שיפא עמד בתבחינים שנקבעו בשב״כ לגבי המסוכנות הנשקפת משחרורו, "אך לא נלקחו ההיבטים הנוספים שחשובים לא פחות".
על ההחלטה הזאת קיבל מנהל בכיר בשב״כ הערה פיקודית. אותו מנהל הוא איש מקצוע מהמעלה הראשונה – היה מעורב במבצעים לשחרור חטופים ובסיכולים הממוקדים שמתבצעים במהלך המלחמה ברצועת עזה. הערה פיקודית מהסוג הזה היא משמעותית מאוד.
